Tras una presentación ante el Congreso del jefe de Gabinete, Marcos Peña, sobre la misión del submarino ARA San Juan, algunos medios revelaron un informe anexo que incluía unas coordenadas que ubicaban al submarino desaparecido (y presuntamente destruido con sus 44 tripulantes) en las proximidades de las Islas Malvinas. Eso, sumado a un aviso que confirmó Peña  en cual habían avisado a un submarino nuclear inglés, generó una serie de notas en diversos medios y especulaciones sobre el destino final del submarino argentino. La Armada, por su parte, emitió un comunicado de prensa en el que negó que esas coordenadas fueran transmitidas al submarino, ya que tenían errores (una, incluso, hubiera ubicado al submarino en el medio de las islas). Indicaron que les transmitieron otras coordenadas, que le fueron entregadas a la jueza Marta Yañez.

Según publicó el diario La Nación, en su última visita al Congreso, el jefe de Gabinete contestó una pregunta del peronista Guillermo Carmona en relación a la misión del submarino ARA San Juan. Peña respondió que el objetivo primario del ARA San Juan “era la localización, identificación, registro fotográfico/fílmico de buques frigoríficos, logísticos, petroleros, buques de investigación de otras banderas, etc., que se encontraran realizando alijo con un buque pesquero”. Pero no era el único objetivo: “Como objetivos materiales secundarios de esta actividad se establecieron buques y aeronaves que operan desde las Islas Malvinas. Ello con el propósito de verificar el cumplimento de los convenios suscriptos por ambos países, en cuanto a la obligación de informar los movimientos de unidades en zonas particulares”.

En diversas oportunidades, el ministro de Defensa, Oscar Aguad, había negado que el submarino también debiera monitorear las embarcaciones inglesas en torno a Malvinas. En el informe, Peña también admitió que “el comandante del submarino informó en una oportunidad acerca de un posible contacto con submarinos nucleares en el área de patrulla”.

Además de su respuesta, el jefe de Gabinete adjunto la Orden de Operaciones (OP) COFS N° 04/17 “C”, que contiene la misión completa del ARA San Juan. En la última foja de ese informe aparecen una serie de coordenadas impresas, dos de ellas tachadas (serían las que dejaban al submarino encima de las Islas Malvinas) y otras escritas a mano al lado por el Capitán de Fragata, Hugo Miguel Correa, jefe de Operaciones y Guerra Acústica del Comando de la Fuerza de Submarinos de la Armada, quien firmó la enmienda al lado. De esta forma, que fue considerada desprolija por los familiares de los tripulantes desaparecidos, el jefe de Gabinete entregó un documento tachado y enmendado. 

Lo que se modificaba a mano era una de las cinco Areas de Operaciones del ARA San Juan, que fue bautizada Alejandra por la Armada (las otras cuatro zonas eran: Alessia, Esperanza, Milagros y Juliana). Una de las dos coordenadas manuscritas ubicaría al submarino en la costa de la isla Soledad, en Malvinas, cerca de Puerto Argentino. La segunda coordenada lo deja unos 30 kilómetros al norte, siempre en las cercanías de las Islas Malvinas. Las otras coordenadas impresas ubicaban al ARA San Juan cerca de Comodoro Rivadavia.

La aparición de coordenadas en un documento oficial que podían ubicar al submarino en las cercanías de las Islas Malvinas antes de su desaparición generó un revuelo importante. Ese documento, además, fue entregado por el jefe de Gabinete al Congreso en el marco de una respuesta oficial, en la que también confirmó el avistaje de un submarino nuclear inglés. 

A esta colección de desprolijidades, se sumó un comunidado de la Armada que aseguró que se trató de una confusión y que, como las coordenadas estaban erradas en la Orden de Operaciones, nunca se las transmitieron al submarino. “La respuesta dirigida al Honorable Congreso de la Nación por parte de la Armada fue confeccionada siguiendo órdenes estrictas del Ministerio de Defensa a fin de dar la mayor transparencia de todo lo atinente al Submarino ARA San Juan. En función de ello se envió la totalidad de la documentación disponible en respaldo a la respuesta solicitada”, indicaron en una reacción que vuelve a mostrar el nivel de tensión que existe con Aguad.

Sostuvieron que tres etapas del viaje del submarino eran ejercicios navales y la visita a Ushuaia. La otra etapa implicaba “el control del mar; esto es, verificación del movimiento de unidades de superficie en espacios marítimos de jurisdicción nacional”. “En esa orden se adjuntó un proyecto de mensaje naval con anotaciones manuscritas referidas al área de operaciones. Sin embargo, esas anotaciones no formaron parte de las instrucciones impartidas ni al Submarino ARA San Juan ni a ninguno de los buques”, advirtieron. “Esto es así porque la anotación adolecía de errores al momento de determinar el área de operaciones. El mensaje naval oficial se encuentra en manos del Poder Judicial de la Nación y determina el área “Alejandra” de modo preciso, sin raspaduras, tachaduras ni enmiendas y con el número electrónico de transmisión que automáticamente asigna el sistema de comunicaciones navales (CESU17A0022 552/117)”, sostuvo la Armada. La Marina sostuvo que la difusión solo del documento que envió Peña al Congreso “resulta inexacta, y lleva a conclusiones desacertadas que pueden confundir a la opinión pública y herir susceptibilidades de los familiares”. En el comunicado no hicieron mayores alusiones a la otra misión que señaló Peña que tenían, que consistía en monitorear las actividades en las Malvinas.