A un año y ocho meses del hundimiento del ARA San Juan, la causa judicial tiene más de 20 cuerpos, pero sigue sin imputados y con la inocua carátula de "averiguación de delito". Mientras una de las querellas recusó --por ahora sin éxito-- a la jueza federal de Caleta Olivia, Marta Yáñez por mal desempeño en sus funciones, la otra pidió que la causa sea caratulada como "homicidio simple con dolo eventual, agravado por ser reiterado en 44 ocasiones", como consecuencia del fallecimiento de la totalidad de su tripulación. La imputación se basa en los datos que indican que las autoridades sabían de antemano que el buque no estaba en condiciones de navegar y cumplir la misión que le fue encomendada. Por otra parte, la misma querella solicitó que se abra una segunda investigación, en forma paralela, por el delito de "abandono de persona", para establecer las responsabilidades del Ministerio de Defensa y de la Armada por las deficiencias advertidas, a partir del 15 de noviembre de 2017, tras la declaración de la emergencia de la nave y en la posterior tarea de búsqueda del San Juan, que fue hallado exactamente un año después en el Atlántico, a más de 900 metros de profundidad.

La apertura de la causa por "abandono de persona" se fundamenta en "la búsqueda tardía y deficiente" del submarino desaparecido". Esto significaría la formación de "dos instrucciones distintas" con las citadas calificaciones. La querella encabezada por Valeria Carreras e integrada también por Lorena Arias y el Estudio Burlando,  argumentó su pedido para que sea recaratulada como "homicidio simple por dolo eventual", cualquiera sea la hipótesis de las causas del naufragio: "implosión, falta de recarga de baterías, falta de apoyo de flota de superficie, falta de oxígeno" de emergencia. En suma, si fue una falla mecánica, el mal estado del material o las "acciones y omisiones concretas en la cadena de altos mandos".

En el escrito se recalcó que "todas las hipótesis llegan a un punto en común: el submarino ARA San Juan no debió zarpar a realizar la orden de operaciones" que lo condujo a altamar. En consecuencia, el hecho de "haberlo permitido", por obvia responsabilidad de los altos mandos, fue lo que "generó la tragedia".

Por otra parte, como resultado de los elementos reunidos en la instrucción, la querella señaló que surge "en forma indubitable que no se actuó en forma debida ante la desaparición" del submarino, dado que "no hubo la diligencia, el auxilio e inmediatez" que la situación exigía "para poner a salvo a su tripulación". Por esa razón se solicitó que se abra la investigación "por el delito de abandono de persona". Se señaló que desde la desaparición del navío "hubo conductas que encuadran en la tipificación prevista en el código penal por el abandono de persona, la falta de debido auxilio", desde el 15 de noviembre de 2017 en adelante.

Respecto del dolo eventual se afirmó que las deficiencias reconocidas por la Armada, previo a la partida del submarino, dan cuenta de que "hubo conocimiento previo del estado del submarino, de los alertas, los problemas de anteriores navegaciones, es decir que hubo representación del riesgo que implicaba volver a navegar y operar" en una travesía de más de 25 días. Aunque no se formulan acusaciones concretas, con nombre y apellido, se solicita que sean investigados todos los que tuvieron responsabilidad en la búsqueda, lo que supone desde la cúpula de la Armada hasta las máximas autoridades del Ministerio de Defensa que encabeza Oscar Aguad. 

La otra querella, encabezada por Luis Tagliapietra, padre de uno de los tripulantes del ARA San Juan recusó a la jueza Yáñez y pidió su alejamiento de la causa, pero su reclamo fue rechazado por la Cámara de Apelaciones de Comodoro Rivadavia. Tagliapietra adelantó que insistirá en su reclamo ante el Consejo de la Magistratura.