En uno de los puntos centrales, el Informe de la Bicameral recalcó que "existen responsabilidades palmarias", en el mismo momento de la desaparición del ARA San Juan, de parte de los altos mandos de la Armada, en algunos casos "por subestimar la situación" planteada a partir de la emergencia. Los señalados, en esos primeros momentos, son el Jefe de Operaciones del Comando de la Fuerza de Submarinos, Hugo Miguel Correa;  el Comandante de la Fuerza de Submarinos, Claudio Villamide, y el Comandante de Adiestramiento y Alistamiento de la Armada, Luis López Mazzeo. Luego el nivel de responsabilidades sube hasta llegar al entonces titular de la Armada, Marcelo Srur, pero luego se eleva hasta quien es considerado el máximo responsable: el ministro de Defensa, Oscar Aguad. 

"La cadena se extiende" al entonces subjefe de la Armada, vicealmirante de Infantería de Marina Miguel Ángel Máscolo y con mayor responsabilidad aún al almirante Srur "por su deficiente manejo de la crisis". Se sostuvo que "han quedado en evidencia internas en el seno de la fuerza, mostrando una poderosa falta de cohesión e intereses personales sobre lo colectivo". Esto refleja "una enorme falta de conducción y de subordinación". También abunda en las reponsabilidades del ministro Oscar Aguad, que frente a este cuadro general dentro de la fuerza, en lugar de asumir su responsabilidad política "ha demostrado una profunda desidia, desinterés y displicencia respecto de la búsqueda, tanto en la omisión de las acciones necesarias para sostener una eficiente búsqueda del submarino y de sus tripulantes, como en el despliegue de acciones que han tenido como finalidad dilatar la posibilidad de que el Estado nacional cuente con los recursos necesarios para la efectiva búsqueda" de la nave. Por ese motivo, se señaló que el ministro fue "de una u otra manera es responsable políticamente por lo que ocurrió en las fuerzas a su cargo".