El juez Claudio Bonadío elevó a juicio oral la causa sobre la cartelización de la obra pública derivada del expediente de los cuadernos. Esto implica que van camino a ser juzgadas 52 personas a las que acusa de integrar una asociación ilícita, entre ellas Cristina Fernández de Kirchner, el ex ministro de Planificación Julio De Vido, el ex secretario de Obras Públicas José López y el financista Ernesto Clarens, además de una larga lista de empresarios de la construcción como Carlos Wagner, Angelo Calcaterra, Aldo Roggio, y Juan Chediack, entre otros. El eje de la causa es el pago de sobornos por la adjudicación irregular de obras a empresarios del sector. Lo que surge del expediente es que Clarens y López tuvieron un papel central en la supuesta recaudación y que había dos personas identificables como terminales de las coimas: el propio López y el fallecido Daniel Muñoz, ex secretario de Néstor Kirchner. A ambos se les encontró dinero que sería proveniente de delitos. A uno en propiedades en el exterior, al otro al menos el famoso bolso que llevó a un convento. Al resto de los funcionarios no se les encontró nada pero igual serán juzgados. A la actual vicepresidenta, por ejemplo, nunca se le exhibieron pruebas directas de alguna participación. Respecto de las obras puntuales por las que los empresarios habrían pagado no se hicieron peritajes o estudios de fondo: se sacaron conclusiones a grandes trazos.
Buena parte de este tramo de la causa de los cuadernos se estructuró alrededor de la declaración como arrepentido del empresario Wagner, que era el titular de la Cámara de la Construcción, y del financista Clarens, así como del relato de José López. El esquema que señala el juez en la resolución de elevación es que Clarens recibía plata en oficinas manejadas por él en la Ciudad de Buenos Aires y que le daba la recaudación a Muñoz en una habitación del Hotel Panamericano y/o en el departamento de la esquina de Juncal y Uruguay; José López recibía directamente el pago de algunos empresarios. Wagner había descripto un sistema de reparto de obras entre un grupo de empresas. El juez destaca el relato, en el área de transporte, de los empresarios Roggio y Gabriel Romero, además del de Claudio Uberti, ex titular del Organo de Control de Concesiones Viales (OCCOVI). Señala que en este caso los pagos estuvieron dirigidos tanto a adjudicación de obras como a concesión de corredores viales (peajes), el mantenimiento de subsidios, entre otros destinos.
Cuando un juez eleva un caso a juicio termina de resolver –en el caso de los cuadernos, de rechazar-- las oposiciones a que eso ocurra o diversos cuestionamientos de los imputados. Varias defensas en esta causa coincidieron a lo largo del proceso en denunciar y cuestionar los procedimientos que describieron como extorsivos sobre los arrepentidos. Pero también la arbitrariedad y falta de fundamentos, por ejemplo, sobre la ausencia de precisiones y prueba respecto de las obras por las que se habrían pagado coimas. Hubo imputados colaboradores, como Clarens, que aportaron listados generales de obras y algunos pagos. El cotejo se hizo por fechas aproximadas y deducciones de algunos entrecruzamientos de llamados telefónicos. El fundamento, en su momento de la Cámara Federal y ahora también del juzgado, es que una investigación penal en la etapa de instrucción no requiere un grado de certeza absoluta, sino de sospecha. El resto, suelen repetir, se debe dirimir en el juicio oral.
Lo que resulta visible es que de las personas investigadas López y Muñoz son aquellos sobre quienes se pudo probar que incorporaron dinero sospechoso a sus patrimonios. En el caso de López lo tenía todo junto, en billetes que sumaban 9 millones de dólares, en el bolso que llevó al convento en General Rodríguez, y existe la sospecha de que habría recibido bastante más. A Muñoz se le detectaron sociedades y propiedades en Estados Unidos, que involucraban grandes sumas de dinero. Pero esto no se estableció respecto de nadie más, aunque se supone que la asociación ilícita como la plantea el juez tenía el objetivo de enriquecerse. A Cristina Fernández de Kirchner se la intenta implicar por los pagos que recibía Muñoz en el departamento de Recoleta, pero también se corroboró que entre 2003 y 2015 ni ella ni Néstor Kirchner usaron esa propiedad. Muñoz decía que iba a recoger las cuentas.