“La Justicia argentina tiene un solo ojo tapado, o para usar otra imagen, parece haber sufrido una hemiplejia. Y se sigue confundiendo la justicia con la venganza; así se hace imposible la reconciliación y la concordia. Estas sólo llegarán cuando toda la sociedad argentina se decida al perdón, a pedirlo y a darlo. Insisto: pedirlo y darlo. Eso es el Evangelio”, dijo el arzobispo de La Plata Héctor Aguer en su cruzada por poner al mismo nivel al terrorismo de Estado y a la guerrilla. Dos días después de la histórica marcha en repudio del fallo de la Corte Suprema que habilitó el 2x1 para los represores de la dictadura, uno de los exponentes más conservadores de la Iglesia Católica consideró que lo dictaminado por los jueces “se ajusta plenamente a derecho” y calificó de "inválida" la ley que votó el Congreso para conjurar los efectos de ese fallo. También reivindicó la teoría de los dos demonios y la idea de reconciliación que los obispos habían promovido días antes del fallo.

"La opinión unánime es que el fallo de la Corte Suprema se ajusta plenamente a Derecho, y que está en juego el principio constitucional de la aplicación de la ley penal más benigna, que no admite excepciones", afirmó el arzobispo de La Plata en declaraciones a AM 1220 haciendo caso omiso de las multitudinarias marchas de repudio en todo el país contra el intento judicial de beneficiar a los genocidas. Al mismo tiempo, criticó las reacciones contrarias a lo dictaminado por el voto de los jueces Highton, Rosatti y Rosencrantz. “Habría que distinguir declaraciones y manifestaciones masivas, unas de otras. Por empezar, me parece gravísimo desde el punto de vista institucional que no se respete íntegramente la división de poderes”.

“La cuestión no es estar a favor o en contra del ‘dos por uno’, problema que jurídicamente me supera y sobre el cual corresponde escuchar a los expertos. Sí es preciso remitirse al artículo 18 de la Constitución Nacional y a las Convenciones Internacionales que nos comprometen. Están implicadas asimismo cuestiones éticas y políticas sobre las que es preciso reflexionar y dialogar serenamente”, dijo el prelado.

De allí que, a su gusto, “la ley votada en el Congreso Nacional es una reacción espasmódica y, en mi opinión, inválida", y pidió preocuparse por la pobreza. 

Respecto a la polémica iniciativa sobre la reconciliación, que concitó rechazos consideró que “fue un testimonio sincero y conmovedor. Las señoras Graciela Fernández Meijide y Marta Cacabelos sufrieron pérdidas familiares como consecuencia de los crímenes de la dictadura, y el general de Brigada Daniel D’Amico perdió a su padre, un militar muy joven, asesinado por Montoneros. Desde perspectivas diferentes presentaron cómo habría que superar la grieta abierta aquellos años. Fue lamentable, dolorosa, la reacción contraria de personas y grupos que fomentan el resentimiento, el rencor, el odio. No es esto la memoria, ni la historia”.

Aguer siempre se caracterizó por representar las posturas más retrogradas del Episcopado. Enemigo acérrimo de las políticas de educación sexual, fue un declarado opositor al matrimonio igualitario y a la identidad de género. Hace poco, llegó a decir que "el aumento de los femicidios tiene que ver con la desaparición del matrimonio".