El ex presidente de Honduras fue derrocado el 28 de junio de 2009. Este golpe de Estado tuvo una matriz doble: se inicio como un golpe latinoamericano tradicional, es decir, con 250 militares armados que lo sacaron, en la madrugada, de la cama y lo llevaron a Costa Rica, pero terminó como una operación de nuevo tipo, los llamados “golpes blandos”. Este nuevo modelo de destitución se caracteriza por tener acciones combinadas de los medios de comunicación, el establishment económico-financiero, los poderes legislativos y judicial además de un respaldo absoluto –sino una clara participación– de la embajada norteamericana. En esto nuevos golpes se coloca en el poder a un civil (no a un militar como en el pasado): en el caso de Honduras, asumió el presidente del Congreso Nacional, Roberto Micheletti. Según Zelaya, su derrocamiento fue un laboratorio que preparó los posteriores golpes de Estado contra Fernando Lugo en Paraguay (2012) y Dilma Rousseff en Brasil (2015), en ambos casos los sucedieron en el poder los vicepresidentes.
La biografía de Zelaya indica que fue siempre parte de la élite política y económica de Honduras hasta que, como él mismo relata en la entrevista, decidió dar un giro de 180 grados a la política neoliberal de su país e intentó ampliar derechos para los más desprotegidos y redistribuir más equitativamente el ingreso de su país. Ni sus correligionarios ni Washington le perdonaron nunca su acercamiento al presidente de Venezuela, Hugo Chávez, ni su decisión de integrar a Honduras a la Alianza Bolivariana de los Pueblos de Nuestra América una creación del mismo Chávez y el cubano Fidel Castro. La primera medida que tomó el presidente de facto Micheletti fue separar a Honduras del ALBA.
A pesar de las movilizaciones de los hondureños, del repudio internacional, de las fuertes y exitosas acciones de Unasur y de la resistencia del propio Zelaya no se logró reinstalar la democracia en Honduras. A diferencia de lo que aseguró la prensa en aquel momento, Zelaya nunca firmó su renuncia. Con el apoyo de fuerzas internacionales, entró clandestinamente a su país el 22 de septiembre de 2009 y se “exilió” en la embajada brasileña en Tegucigalpa, autorizado por el entonces presidente de Brasil Inacio Lula da Silva. El 29 de noviembre, el gobierno de facto de Honduras llevó a cabo comicios presidenciales en una situación altamente irregular porque Zelaya, el presidente legítimo, se encontraba en la embajada de Brasil. Ganó las elecciones Porfirio Lobo, quien no fue reconocido internacionalmente durante más de un año por presión de los países de la Unasur. La VI cumbre de la Unión Europea-América latina que tuvo lugar del 17 al 19 de mayo de 2010 en Madrid estuvo a punto de fracasar por esta razón. El entonces jefe de Estado español, José Luis Rodríguez Zapatero, tuvo que “desinvitar” a Lobo para que el resto de los presidentes de Unasur asistieran.