A través del decreto 096/2017 Héctor Aguer prohibió a los colegios católicos de su diócesis que en su ámbito se trate el matrimonio igualitario. Para el arzobispo, no se puede aludir "a la teoría de género que pretende negar las diferencias biológicas entre el varón y la mujer, de modo que los alumnos puedan discernir rectamente y no sean arrastrados por este error".

El decreto de Aguer establece que “los textos y las explicaciones de los profesores y catequistas deben ajustarse siempre a aquellos instrumentos para mostrar a los alumnos, sin ambages, la verdad católica, con los métodos y actividades que correspondan a la edad de los educandos". 

“Prohíbo expresamente que en esta área tan delicada y bella se recurra como fuente de inspiración a la "teoría de género" y a los textos que la sostienen”, indica Aguer en el decreto, en el que señala como bibliografía  “puntualmente lo que he establecido en El orden del espíritu en la sexualidad. Aportes preliminares al ordenamiento de la educación sexual en la escuela”, un texto de su autoría.

La orden de Aguer, conocido por sus posturas reaccionarias, mereció el repudio de la Comunidad Homosexual Argentina, que consideró que el prelado “pretende convertirse en un legislador sobre los colegios católicos negando leyes nacionales de un estado democrático como la Ley de Educación Sexual Integral, la Ley de Matrimonio Igualitario y la Ley de Identidad de Género”.

La CHA también denunció que “su postura es una violenta discriminación que cada vez se intensifica más hacia nuestra comunidad LGBTTI. Públicamente sostuvo que "la homosexualidad es una abominación", que sólo ordenaría sacerdotes heterosexuales y que “las personas homosexuales están llamadas a la castidad”.

Aguer, quien alguna vez adjudicó los divorcios a los femicidios y a la pedofilia, y definió como “mágica” la cifra de los 30 mil desaparecidos, ha sido siempre la voz de los sectores más retrogrados de la Iglesia y se ha opuesto a la entrega de preservativos por parte del Estado.

“A la homofobia de Aguer le respondemos con nuestro orgullo y con las leyes conquistadas para seguir reforzando la diversidad que enriquece a toda la sociedad. Promovemos Estados laicos, impulsamos políticas públicas concretas, proponemos legislaciones inclusivas, luchamos por la libertad y la democracia sin ningún tipo de discriminación, contra todo fundamentalismo religioso y político, como el de monseñor Aguer”, respondió la CHA.

Quien también salió al cruce de la decisión de Aguer fue el ex ministro de Interior y Transporte y actual candidato del Partido Justicialista a senador bonaerense Florencio Randazzo. “Nos oponemos a que se prohíba hablar en los colegios sobre derechos adquiridos como el Matrimonio Igualitario que es ley en nuestro país”, afirmó el ex funcionario por Twitter. Además, adelantó que "vamos a presentar una acción judicial para frenar esta prohibición, a favor de la libertad y la educación de miles de pibes platenses".