El juez que investiga el espionaje ilegal a magistrados y funcionarios judiciales, Marcelo Martínez De Giorgi, apartó de la investigación a Carlos Stornelli para preservar las "garantías de imparcialidad y objetividad" que debe tener el proceso judicial, pero el fiscal apeló esa decisión y dijo que atentaba contra la autonomía del Ministerio Público que integra.
El juez recordó que el fiscal Stornelli se había presentado como querellante en el expediente, invocando que "en los dispositivos secuestrados al imputado Ariel Zanchetta había, presuntamente, informes de inteligencia vinculados a él", según se indica en una resolución tomada por el magistrado. La participación como querellante del fiscal en la investigación marca para Martínez De Giorgi "la imposibilidad de que Carlos Stornelli pueda actuar en calidad de fiscal de la causa".
"El rol de querellante pretendido por el Dr. Stornelli resulta incompatible con la función de titular de la acción penal recientemente asignada a la Fiscalía a su cargo, contradicción que podría implicar una afectación al principio de imparcialidad en su actuación como fiscal en concreto en esta causa", argumentó el juez. El fiscal Stornelli le respondió con una apelación porque considera que lo del juez "avasalla -quizás como nunca antes se vio- la autonomía del Ministerio Público Fiscal".
