El equipo de buzos de la Prefectura Naval halló un cuerpo en el Río Chubut 300 metros río arriba de la zona del Pu Lof de Cushamen, donde la Gendarmería reprimió a la comunidad mapuche el 1 de agosto, día en el que desapareció Santiago Maldonado. Ante el hallazgo, Lleral convocó a la Unidad de Criminalística de la Policía Federal, al Equipo de Argentino de Antropología Forense (EAAF) y peritos de parte de la familia. El cuerpo encontrado fue movido del agua tras la llegada de los especialistas. 

El rastrillaje ordenado por el juez Gustavo Lleral es el tercero que se realiza sobre el curso del río, las dos búsquedas anteriores habían dado negativo a pesar del amplio despliegue de fuerzas ordenado por el juez apartado de la causa Guido Otranto.  Según trascendió, el cuerpo habría sido encontrado enganchado con ramas de los árboles cercanos y habría sido encontrado por los buzos de la Prefectura con la asistencia de perros de la División Cinotecnia, entrenados para buscar en cursos de agua, utilizados por primera vez en este tercer rastrillaje. 

Tras divulgarse la noticia, funcionarios del Ministerio de Seguridad y el secretario de Derechos Humanos, Claudio Avruj, decidieron viajar a Esquel. Junto a ellos viajan peritos del equipo de Mario Coriolano —defensor de Casación bonaerense—,   quien colabora en la investigación a pedido de la abogada Verónica Heredia, por ser quienes trabajaron junto a ella en la causa por la desaparición forzada de Iván Eladio Torres. A pedido de la familia también viajó el antropólogo Alejandro Incháurregui. Mientras que el juez había convocado también a los miembros del EAAF.   

Coriolano participó a fines de agosto de una reunión con Heredia y el ministro de Justicia, Germán Garavano, en la que se acordó la asistencia de un grupo de expertos independientes de la ONU. La Casa Rosada deshizo ese acuerdo a mediados de septiembre, al considerar que la causa estaba "avanzando bien", días después fue apartado el juez Guido Otranto.  

Tras el primer rastrillaje, realizado días después de la desaparición de Santiago, los especialistas de la Prefectura Naval habían descartado que el joven hubiese muerto ahogado en el río, debido a que por la poca profundidad del curso de agua y por las ramas debería haber quedado flotando o atrapado, como trascendió hoy sobre el cuerpo encontrado, 75 días después de la desaparición forzada. 

Ese informe dado por los especialistas de Prefectura Naval había descartado la hipótesis de que Santiago se hubiese ahogado, y coincidía con los testimonios de la comunidad mapuche, que aseguraron que Santiago no llegó a cruzar el río. Sin embargo, el juez Otranto le dijo al diario La Nación a mediados de septiembre que su hipótesis —a un mes y medio de su desaparición— seguía siendo que el joven se ahogó. 

En la madrugada del 18 de septiembre, Otranto ordenó un megaoperativo para avanzar en su hipótesis: 300 efectivos del Grupo Especial de Operaciones Federales (GEOF), del Grupo Albatros de la Prefectura Naval y personal de la Policía de Seguridad Aeroportuaria, con helicópteros, perros y drones. Después de dos días de rastrillaje, el resultado fue nulo. Ese día, Sergio Maldonado, hermano de Santiago, denunció que no se lo dejó ingresar a la zona del rastrillaje y denunció: "Si piensa que mi hermano se ahogó, ¿por qué no lo buscaron antes? ¿Qué hicieron todo este tiempo? Dan versiones distintas todo el tiempo."

Cuatro días después de aquel megaoperativo, la Cámara Federal de Apelaciones de Comodoro Rivadavia apartó a Otranto de la causa y designó a Lleral. Los camaristas separaron al juez por "temor de parcialidad", debido a la publicación de su versión del ahogamiento.