Jorge Bergoglio se reunió primero con Santos y a continuación con Uribe. Finalmente recibió a ambos en una audiencia de unos 25 minutos. El pontífice argentino recibió a Santos en la Sala del Tronetto con un "bienvenido, es un placer reencontrarnos, es la tercera vez que nos vemos". "Necesitamos su ayuda", le dijo a su vez el presidente colombiano. Santos ofreció como regalo al papa el "balígrafo" -una bala convertida en bolígrafo- con el que se firmó el acuerdo de paz con el líder de las FARC (Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia), Rodrigo Londoño. También le entregó una pequeña escultura de porcelana que representa una orquídea blanca. El mandatario explicó a Francisco que la orquídea es "la flor nacional de Colombia y un símbolo de la paz". El pontífice, por su parte, le entregó un medallón con el ángel de la paz y tres libritos que presentó como sus "escritos sobre ecología". Posiblemente se trata de la encíclica ecologista "Laudatio si" y de las exhortaciones apostólicas "Evangelii gaudium" y "Amoris laetitia". Francisco reiteró que desea viajar a Colombia, pero solo cuando el proceso de paz esté completo.
Al término del encuentro entre Francisco, Santos y Uribe, los colombianos ofrecieron declaraciones en las que ratificaron sus diferencias. Uribe manifestó que durante la reunión le dijo al Papa que el Gobierno pretende "imponer" un acuerdo con las FARC que se caracteriza por la "impunidad". El ex mandatario, máximo líder del partido de derecha radical Centro Democrático, planteó incluso la posibilidad de introducir nuevos cambios en el acuerdo de paz. "Ojalá se permitieran modificaciones en esos puntos esenciales en los que hay desacuerdo, como fue la oferta inicial del Gobierno", dijo Uribe. Asimismo, Uribe comentó que le dijo a Francisco que es "uno más" de quienes rechazaron el primer acuerdo de paz en el plebiscito del 2 de octubre y que espera que el Gobierno y las FARC "aflojen un poquito".
Por su parte, Santos dijo que le agradeció al Papa el respaldo que le ha dado al proceso de paz y por haber facilitado la reunión con su antecesor. "Le dije al ex presidente Uribe que estamos siempre dispuestos a seguir dialogando, a entrar en un acuerdo sobre cómo se va a implementar este acuerdo de paz", dijo Santos. No obstante, el jefe de Estado hizo énfasis en que "los acuerdos ya están firmados y en proceso de implementación", descartando la posibilidad de que se introduzcan nuevas modificaciones. "La división y la polarización a nadie le conviene y qué mejor que encontrar un tema como la paz, el más importante de todos, para hacer coincidir nuestros puntos de vista", dijo el mandatario.
Santos y Londoño firmaron un acuerdo de paz el 26 de septiembre, tras cuatro años de negociaciones en La Habana, pero el pacto quedó sin efecto al ser rechazado en el plebiscito por una estrecha mayoría de votantes. El Gobierno inició entonces consultas con el Centro Democrático de Uribe, el único partido que hizo campaña para que el acuerdo fuera rechazado en el plebiscito, y convenció a las FARC que aceptasen reabrir las negociaciones para modificar el acuerdo.
Los promotores del voto por el "no" presentaron entonces propuestas de modificaciones en 57 ejes temáticos, aceptadas en su gran mayoría por las FARC. El único punto que se rechazó fue una exigencia de la derecha radical de que los ex guerrilleros no pudiesen participar en política. El segundo acuerdo fue firmado nuevamente por Santos y Londoño el 24 de noviembre y a la semana siguiente fue refrendado por el Congreso, pues el Gobierno consideró que otro plebiscito sería inconveniente. Aunque el acuerdo fue modificado con muchas de sus propuestas, el Centro Democrático siguió insistiendo en su oposición al pacto de paz y se abstuvo de participar en las votaciones de refrendación en el Congreso.
Las FARC tienen plazo hasta los últimos días de este año para que sus cerca de 5800 miembros se concentren en 27 sectores para iniciar el proceso de desmovilización y desarme, el punto final de 52 años de confrontación con el Estado colombiano.
