Hacia 1941, el Arbeitlager de Auschwitz se enfrentaba a un grave problema de funcionamiento, una especie de cuello de botella logístico: las necesidades de ejecución de prisioneros rusos, que llegaban cada vez en mayor cantidad, y la perspectiva de verse obligados a matar en gran escala judíos y gitanos, excedían completamente las posibilidades operativas del campo. Los fusilamientos masivos eran costosos en tiempo y dinero (munición) y poco prácticos, ya que requerían el empleo de mucho personal.
Las autoridades del campo ensayaron un método en principio más eficaz, a saber: un sistema de camiones, a cuyas cajas se conectaba el caño de escape del camión. El sistema era efectivo, aunque con inconvenientes: los camiones no podían cargar una gran cantidad de prisioneros, y el problema central, que era el del número, no quedaba resuelto.
Aunque tardaron en advertirlo, la solución estaba delante de sus ojos: el Zyklon B, producido por la compañía Degesch, subsidiaria de Degussa, llevado a Auschwitz como desinfectante en el verano de 1941. Había sido descubierto por el científico alemán Fritz Haber, Premio Nobel de Química 1918. La idea era atractiva. Al fin y al cabo, el Zyklon B era un poderoso insecticida, muy efectivo contra todo tipo de insectos, pero más aún sobre animales de sangre caliente y, en consecuencia, extremadamente venenoso para los seres humanos (como tal fue usado en las cámaras de ejecución de la pena capital en Arizona, Estados Unidos a partir de 1920). El subcomandante de Auschwitz, Fritsch, decidió hacer un experimento. El 3 de septiembre de 1941 llevó a 600 prisioneros rusos y a 250 enfermos a una celda subterránea, y efectivos de las SS con máscaras antigás dejaron escapar el Zyklon B. El éxito fue total: los prisioneros murieron en forma instantánea.
Apenas Eichmann visitó Auschwitz, el comandante del campo, Hoss, lo puso al tanto de las enormes posibilidades del Zyklon B y ambos acordaron usarlo en adelante, tanto para la ejecución de prisioneros rusos como para las matanzas masivas necesarias para “la solución final”. La empresa J. A. Topf recibió un contrato para construir cámaras de gas mucho más grandes y sólidas, y conectadas con crematorios apropiados en Auschwitz-Birkenau. El gas, por su parte, sería provisto por las empresas Tesch/Stabenow y Degesch. Los técnicos de Tesch asesoraron sobre la forma en que debía producirse la ventilación en las cámaras.
El Zyklon B venía en la forma de pequeños cristales, que al contacto con el aire dejaban escapar ácido hidrocianídico. Una vez que los prisioneros eran encerrados en la cámara de gas, se volcaba el Zyklon B por los dos orificios de techo y los cristales caían sobre la gente ubicada en la cámara y empezaban a evaporarse de inmediato. Al principio se escuchaban gritos, pero enseguida se hacía el silencio y, después de quince minutos, la cámara de gas se abría y los cuerpos que aparecían apilados sobre el suelo eran transportados al crematorio. Bastaban quince minutos más para ventilar completamente y poder utilizar las cámaras nuevamente. La operatoria requería apenas de tres o cuatro personas y un grupo de prisioneros (sonderkommands) que se encargaba de los cadáveres.
La efectividad del Zyklon B permitía matar a miles de personas por día; los judíos, traídos en trenes sellados desde Varsovia, desde Salónica, desde París, desde Kiev, desde Turín, desde Lodz, eran asesinados el mismo día de su llegada y las cámaras de gas quedaban listas para los trenes que llegarían al día siguiente. También fue posible liquidar todo el campo gitano de Auschwitz, de aproximadamente 4 mil personas, en un solo día, el 1º de agosto de 1944. Joseph Mengele se ocupó personalmente de la operación, manejando él mismo el transporte que llevaba a los chicos a la cámara de gas. Mengele tenía una particular y buena relación con los chicos gitanos del campo, a los que a veces llevaba golosinas. Ellos le tenían confianza y lo llamaban Onkel Mengele (Tío Mengele). Más de un millón de judíos, gitanos, rusos (untermenschen, según la definición del Ministerio de las Razas del Tercer Reich), fueron asesinados en las cámaras de gas de Auschwitz merced a la efectividad del Zyklon B.
Las empresas que fabricaban y proveían el gas, como Tesch/Stabenow, Desgesch, Degussa, I. G. Farben, siguieron sus actividades después de la guerra, desarrollando insecticidas, pinturas y productos complejos, sofisticados y novedosos. El Protectosil, desarrollado por Degussa, protege el cemento de los graffitis y la suciedad, y se usará para impregnar las 2700 columnas del monumento a los judíos víctimas del Holocausto, en Berlín, que se inaugurará en el 2005.
Como era de esperar, el hecho despertó polémicas. Algunos argumentan que han advertido que Degussa se ha distanciado suficientemente del pasado y que la empresa de hoy no es la misma que la de entonces. Otros, que erradicar el Protectosil ya utilizado costará 2,4 millones de euros. Algunos recuerdan que, frente al enorme volumen de giro financiero que estas empresas mantenían durante la guerra, las ganancias que produjo el envío de gas Zyklon B a los campos de concentración no fueron significativas.