Entre tantas irregularidades, en Independiente también se detectaron pagos de primas y premios de varios jugadores a nombre de terceras personas sin la autorización del beneficiario personal, es decir, el futbolista. Esta operatoria se siguió básicamente en los casos del defensor Cristian Tavio y el arquero Ariel Rocha, que originaron una causa judicial en los tribunales de Lomas de Zamora.
Otras de las irregularidades que se investigan en la Justicia tienen que ver con retiro de fondos por medio de vales de caja falsificados, por intermedio de los cuales se habrían sustraído alrededor de 70 mil pesos a lo largo de un año.