Apadrinada por la Doctrina de Seguridad Nacional, la escuela surgió al inicio de la Guerra Fría. Entre 1945 y 1979 se dedicó a la promoción de tácticas de guerra y contrainsurgencia en un país gobernado por militares. En 1963, dos años después de fracasar en la invasión a Bahía Cochinos, en Cuba, la CIA produjo el primer manual de interrogatorio que, según reveló el ejército en 1996, enseñaba cómo “llegar a ser un perfecto torturador”. La Escuela incorporó extractos del material a sus manuales y a sus técnicas de entrenamiento.

El 15 de diciembre de 2000 el Congreso cerró oficialmente la SOA en una votación apretada. Sin embargo, al mes siguiente el Pentágono volvió a abrir la escuela tras aprobar en el Congreso un nuevo proyecto que implicaba simplemente un cambio “cosmético”, según lo reconoció Paul Coverdell, un senador de Georgia que defendió la apertura de la academia.

La nueva escuela pasó a llamarse Whinsec, incorporó ocho horas de derechos humanos en el plan de estudios y un panel de visitantes, dentro del cual estuvo hasta no hace mucho el actual candidato republicano John McCain.