El presidente Néstor Kirchner firmó un decreto donde reglamentó la directiva para la organización y el funcionamiento de las Fuerzas Armadas. En la línea de conducción civil de la defensa que viene planteando el Presidente, la normativa mantiene la división entre defensa y seguridad interna. Además, describe la función de las Fuerzas Armadas y su participación dentro de las fronteras del país con los límites fijados en la Ley de Seguridad Interior, por la que sólo en “casos excepcionales” puede intervenir cuando esa norma “resulte insuficiente”.

En el decreto 1691, Kirchner sostiene que la misión de las Fuerzas Armadas “es la de conjurar y repeler toda agresión externa militar estatal, a fin de garantizar y salvaguardar de modo permanente” la soberanía, la independencia y la autodeterminación de la Nación.

El Presidente estableció que las operaciones de seguridad interior previstas por la Ley de Seguridad Interior se harán por disposición del ministro de Defensa, en caso de “atentado en tiempo de paz” a la jurisdicción militar o bien “por disposición del Presidente previa declaración del estado de sitio, para el reestablecimiento de la normal situación de seguridad interior en aquellos casos excepcionales en que el sistema de seguridad interior resulte insuficiente a criterio del Presidente”. En el texto del comunicado, se destacó que según la ley esta atribución “no deberá incidir, de ninguna manera y bajo ninguna circunstancia, en la doctrina, organización, equipamiento y capacitación de las Fuerzas Armadas”.

También reguló la participación de las Fuerzas Armadas en operaciones de apoyo de la comunidad o en países amigos, en caso de catástrofes. El decreto indica que “ineludiblemente deben ser atendidos a través de las capacidades, operaciones y logísticas de las Fuerzas Armadas, como misión subsidiaria del instrumento militar”. La norma estableció que el órgano responsable del empleo de las Fuerzas Armadas en tiempos de paz será el Estado Mayor Conjunto, que creará un Comando Operacional unificado entre las tres armas. Este comando “será la instancia responsable de la ejecución del adiestramiento militar conjunto, del control de las ejercitaciones conjuntas, de la elaboración del planeamiento estratégico operacional, de su ejecución y de las operaciones militares”.