En 1982 el CELS denunció judicialmente que entre 1976 y 1980 la morgue judicial había realizado autopsias, extendido certificados de defunción y ordenado la inhumación de varios cadáveres de personas desaparecidas por orden de las fuerzas militares y sin la intervención de un juez competente. La causa se inició a partir de datos que surgían del expediente sobre la desaparición del médico Norberto Gómez, que había hecho el juez Carlos Oliveri.

Durante la investigación de la causa de la morgue se supo que el presidente de la Cámara del Crimen, de la que dependía la morgue, había llegado a un acuerdo con el coronel Roberto Roualdés, a cargo del comando de la subzona de Capital Federal, para que la morgue se ocupara de los cadáveres que dejaban los militares. Los médicos realizaban las autopsias, que establecían que los muertos habían sido asesinados a quemarropa, y luego las remitían a la Justicia militar.

Cuando el CELS denunció los hechos de la morgue, que involucraban a la Cámara del Crimen, varios jueces se excusaron de llevar adelante el caso que, finalmente quedó a cargo del mismo Oliveri.

En octubre de 1985 Mario Pena, en ese entonces presidente de la Cámara del Crimen, fue procesado por violación de los deberes de funcionario público, pero luego fue sobreseído por prescripción. Por su parte, la Corte Suprema llevó adelante un expediente administrativo sobre el tema.