El titular de la Unidad AMIA del Ministerio de Justicia, Alejandro Rúa, le pidió a la Oficina Anticorrupción que determine cuánto dinero gastaron de fondos reservados el Ministerio del Interior y la SIDE en la investigación del atentado. Sucede que el juez Bonadío rechazó los pedidos de la OA de ser querellante en la causa por las irregularidades del caso con un argumento extraño: que no se determinó perjuicio al Estado. Sin embargo, todos los funcionarios admitieron que se usó dinero de la SIDE, con lo que se prueba el perjuicio. Además, Rúa considera que casi todo el dinero usado en la pesquisa se destinó, de acuerdo al fallo, para armar una pista falsa. Se calcula que se usaron más de doce millones de dólares.