Ahora es uno de los “generales” que impulsa la candidatura del ex ministro de Economía Roberto Lavagna. Pero en algún momento creyó que podía ser vicepresidente de Néstor Kirchner como representante de Eduardo Duhalde. En cambio, fue relegado al octavo lugar en la lista de diputados y desde allí se convirtió en el jefe de campaña de Chiche Duhalde. Conocido como especialista en seguridad, ocupó la secretaría de esa área en la provincia de Buenos Aires, el ministerio nacional y fue llamado en la ciudad de Buenos aires después de la tragedia de República Cromañón.

Juan José Alvarez se inició en la política “pública” como asesora del bloque de Diputados justicialistas. En 1989 fue elegido por la provincia de Buenos Aires como miembro del Colegio Electoral que consagró la fórmula Carlos Menem-Eduardo Duhalde, quienes lo designaron como Superintendente Nacional de fronteras en el Ministerio de Defensa. Pero el primer gran salto de su carrera fue su consagración en 1995 como intendente de su ciudad, Hurlingham.

Después de un paso breve por la Secretaría e Seguridad provincial durante la gestión de León Arslanian, Alvarez fue reelecto como intendente en 1999, pero antes de terminar su gestión fue convocado por Carlos Ruckauf, ahora para hacerse él mismo cargo de la Secretaría de Seguridad de la provincia de Buenos Aires. Era fin de octubre de 2001 y a Alvarez le tocó lidiar con los saqueos de la crisis de diciembre de 2001, aunque fue señalado por tener buenos vínculos con las organizaciones que participaron en ellos.

Luego de la caída del gobierno de Fernando de la Rúa, el fugaz presidente Adolfo Rodríguez Saá lo nombró en la Secretaría de Seguridad Interior y fue confirmado en ese puesto por Eduardo Duhalde. Desde esa función fue el coordinador del operativo montado alrededor del Puente Pueyrredón por la marcha piquetera del 26 de junio de 2002 que juntó, por primera vez ante una protesta social, a la Policía Federal y la Bonaerense, la Prefectura y la Gendarmería. Durante esa manifestación fueron asesinados por miembros de la bonaerense los militantes del MTD Maximiliano Kosteki y Darío Santillán. Alvarez fue denunciado por las organizaciones piqueteras, pero nunca fue citado por la Justicia. Después de ese hecho, Duhalde lo ascendió a ministro de Justicia y Seguridad. Fueron días de alta exposición. Pero con el fin del mandato de Duhalde también terminó, por un tiempo, el alto perfil de Alvarez.

Después de su elección como diputado no se mezcló como un legislador más. Volvió a figurar en las primeras planas, aunque no por su labor parlamentaria: ocupó interinamente el Ministerio de Seguridad de la provincia de Buenos Aires y llegó a la ciudad de Buenos Aires –un territorio ajeno– en la misma área después de la tragedia de Cromañón.

Desde ese puesto se ganó la antipatía de los ibarristas y volvió a generarla en Kirchner. Actualmente es el prinicpal operador de los peronistas no kircheristas, que buscan una estructura que contenga a Lavagna para hacer frente al oficialismo. Para eso, cultiva sus relaciones con el macrismo y es el encargado de reclutar a los “coroneles” en las segundas líneas del peronismo.