Paisano suyo y con el tiempo, amigo del alma, fue precisamente el ex juez de la dictadura y hoy abogado José Alberto Seyahian, el primero en darle una oportunidad de trabajo como meritorio en el juzgado de instrucción 19. Corría el año 1974 y José Luis Mahdjoubian tenía 23 años.
A partir de ese momento, seguiría todos los pasos dentro de la carrera judicial hasta llegar a juez en 1993, con el padrinazgo del ex secretario de Justicia del menemismo César Arias. Siempre cultivó el bajo perfil. Hasta que un escandaloso fallo lo catapultó al centro de la escena. Fue en marzo de 1994, cuando dictó la “falta de mérito” y dejó en libertad a los ocho detenidos por las presuntas coimas en el PAMI, en tiempos de Matilde Menéndez. En aquel momento, Carlos “Chacho” Alvarez, por entonces, diputado del Frente Grande, junto con el presidente del bloque radical Raúl Galván, presentó un juicio político en su contra. Lo acusaron, entre otros cargos, de demorar sugestivamente el allanamiento a las clínicas presuntamente involucras en el caso. Unos meses después, la Cámara del Crimen revocaba su sentencia y dictaba la prisión preventiva y un embargo de un millón de pesos a cada uno de los prestadores del PAMI imputados en la causa como autores de cohecho.
Mahdjoubian se casó con Ana Díaz Cano, también abogada. De meritorio, pasó en 1980 a ser auxiliar superior; ocho años después, prosecretario administrativo y en 1991, secretario del Juzgado de Instrucción número 29 a cargo, entonces, del juez Carlos Gerome, hermano de Eduardo Gerome, quien fuera defensor del ingeniero Santos. Finalmente, el 23 de junio de 1993 accedería a la ansiada titularidad del juzgado 29. Meticuloso, obsesivo del detalle, eligió para adornar su despacho una extensa colección de armas. La del Pami no fue la única causa pesada que cayó en sus manos: se encargó de investigar al presidente de la AFA Julio Grondona y al presidente de Boca, Mauricio Macri, en la megacausa por la compra de sistemas de seguridad para los estadios; y también las sospechosas muertes de presos en Devoto, presuntamente vinculadas al tráfico de drogas y otros “negocios” regenteados por agentes penitenciarios.