Al Bagdadi tiene el título de "amir" (príncipe) del Estado Islámico de Irak, la organización de la que forman parte ocho grupos insurgentes iraquíes y que está directamente vinculada con la organización terrorista internacional dirigida por Osama Bin Laden.

Abu Omar al Bagdadi sucedió al frente de Al Qaeda en Irak al jordano Abu Musab al Zarqaui, tras la muerte de este en un bombardeo aéreo estadounidense el 8 de junio de 2006, en una aldea situada al noreste de Bagdad.

El arresto del líder de Al Qaeda en Irak se conoce un día después de que el lugarteniente del Al Bagdadi, Abu Hamza al Muhayer, hiciera pública una grabación instando a las milicias gubernamentales de Irak a unirse a su lucha.

En la grabación que fue difundida en foros islámicos de internet, Al Muhayer calificó a los milicianos de los llamados Consejos de Salvación de "traidores y criminales".

El grupo dirigido hasta hoy por Al Bagdadi fue creado en octubre del 2006 para luchar contra la ocupación militar estadounidense en Irak, que comenzó en el 2003, y con el objetivo final de crear un Estado islámico en Irak dirigido por un califa.