Los presidentes suscribieron, además, un Protocolo Complementario y Ampliatorio para relanzar sus relaciones bilaterales, a través del cual Bolivia contará en Ilo con facilidades de tránsito y transporte, puntos de embarques, una playa turística y deportiva y una zona franca por un período inicial de 99 años, que facilitará exportar e importar mercaderías sin gravámenes arancelarios. Bolivia contará también con un embarcadero para las naves de la Armada y un anexo de su Escuela Naval. El acuerdo renueva un convenio suscrito el 24 de enero de 1992 entre los entonces presidentes Jaime Paz Zamora y Alberto Fujimori, que nunca pudo ponerse en vigencia.

Morales señaló que "en la actualidad las circunstancias son diferentes porque existe la voluntad política y la confianza entre los gobiernos y los pueblos para avanzar hacia una integración en base a programas de cooperación y solidaridad".

Por su parte, Alan García, afirmó que "es injusto que Bolivia no tenga una salida soberana al océano", y deseó que "el diálogo bilateral entre La Paz y Chile conduzca a la recuperación de la salida al mar". "Como lo dije en 1990, Perú jamás será un obstáculo en ese diálogo bilateral" agregó García. El mandatario peruano declaró que Bolivia necesita el respaldo de sus vecinos de la región para hacer un "frente común en defensa de un derecho irrenunciable, su salida soberana al mar".