A principios de los años '70, Duhalde comenzó a representar a militantes políticos reprimidos y detenidos por los gobiernos que mantenían la proscripción del peronismo. Por entonces, dirigió la revista "Militancia peronista para la liberación" junto al abogado Rodolfo Ortega Peña, quien luego fue asesinado por la Triple A. Desde ese hecho asumió la defensa de militantes del Ejército Revolucionario del Pueblo (ERP) por el secuestro -seguido de muerte- del gerente de la empresa automotriz Fiat, Oberdan Sallustro.

Desde su larga trayectoria en la defensa de presos políticos, permaneció vinculado desde hace varias décadas al movimiento de derechos humanos. En 1976, la dictadura militar lo privó de sus derechos civiles y políticos y dispuso la incautación de sus bienes y su captura, por lo cual se exilió en España, país desde donde fue uno de los organizadores de la denuncia internacional contra el terrorismo de Estado en la Argentina.

Luego se desempeñó como Juez de Cámara de los Tribunales Orales en lo Criminal de la Capital Federal, consultor de Derechos Humanos de la ONU y profesor Consulto de la Facultad de Ciencias Sociales de la UBA. Fue profesor titular de materias de derecho, historia y política en diversas universidades argentinas y extranjeras, y miembro de instituciones académicas argentinas y de América Latina y Europa, como de organismos de derechos humanos del país e internacionales.

Cinco días antes de ser internado, Duhalde participó de una actividad pública en la que expresó su solidaridad con el exjuez español Baltasar Garzón, en la que reivindicó la investigación iniciada por los crímenes registrados durante la dictadura de Francisco Franco en España.

Escribió 24 libros y más de 200 trabajos y comunicaciones, siendo el más notorio de sus libros, "El Estado terrorista argentino". En el plano internacional integró diversas misiones de paz al África, y en América Latina a El Salvador, Chiapas (México), Nicaragua, Perú y Colombia, en sus zonas de conflicto. Sumó diversas distinciones, entre ellas el Premio Internacional al Periodismo otorgado por la Asociación Pro-Derechos Humanos de España en 1990, por su lucha en defensa de los derechos fundamentales del ser humano.