El alegato de las abogadas María del Carmen Verdú y Claudia Ferrero señaló a Pedraza y Fernández como "instigadores" del ataque; al delegado Pablo Díaz y los allegados al gremio Cristian "Harry" Favale y Gabriel "Payaso" Sánchez como "coautores materiales" y como "partícipes necesarios" a los miembros de la UF Claudio Alcorcel, Salvador Pipitó, Juan Carlos Pérez y Guillermo Uño. Bajo esta última figura también pidieron la pena de 25 años para los comisarios de la Policía Federal Hugo Lompizano, Luis Mansilla y Jorge Ferreyra.

En cuanto al pedido de investigar a los funcionarios nacionales, la querella consideró que Fernández era el responsable de la Policía Federal al momento del hecho, mientras que Schiavi y Luna "tenían conocimiento" de la movilización que se iba a realizar.

Para Verdú, "Pedraza sabía que se imponía un golpe final" al "movimiento" de los tercerizados que "formaban una opción clasista y de defensa de los ferroviarios", y por eso "delegó a Pablo Díaz el reclutamiento de la patota y la convocatoria a los delegados que harian de pantalla o cobertura".

En otro tramo de su alegato, la abogada de Correpi sostuvo que "la patota" y "los policías", según denunciaron, aplicaron un "plan criminal con armas de fuego y la decisión de usarlas". "El grupo de choque fue organizado por la Unión Ferroviaria con aporte de Favale", acusó.

La abogada consideró que "el fenómeno patoteril ha reemplazado a la fuerzas de seguridad en la represión durante la ultima década" y ello "le permite al Gobierno lavarse las manos ante ataques organizados y dirigidos desde despachos oficiales porque no hay intervención directa de uniformados". En este sentido, la abogada denunció que "a partir de 2003 hay grupos de choque paraestatales sin riesgos de manchar a las fuerzas de seguridad estatales y eso es muy útil para el Gobierno que pretender aparecer como progresista".

Por su parte, la abogada Claudia Ferrero, de la Asociación de Profesionales en Lucha (APEL), aseguró que a Mariano Ferreyra "lo mató la defensa de los negocios" que mantenía Pedraza, y denunció que una cooperativa integrada por familiares y amigos de ese dirigente procesado "era la principal contratista de Ugofe". "Se trató de un crimen político contra la clase Obrera", sostuvo en su alegato la representante legal de Elsa Rodríguez y Nelson Aguirre, heridos de bala el 20 de octubre de 2010 cuando, en el barrio Barracas, ocurrió el crimen.

"Fernández fue el primer funcionario que se expidió cuatro horas después del hecho: dijo que no podían acceder los móviles por eso la policía no actuó, lo cual es falso, y dijo que el homicidio fue cometido por 'un tarado que salió de su casa con un arma'", recordó.