El dilema que enfrenta la Justicia es si estos juicios se realizan uno a uno, lo que insumiría unos diez años hasta que el TOF5 complete su tarea, o si se unifican en un único juicio que se iniciaría el año próximo, como pidió la Unidad Fiscal de seguimiento de estos procesos, dependiente de la Procuración General de la Nación. Todos los casos integran la “Megacausa ESMA”, que centraliza el juez federal Sergio Torres, a cargo de sistematizar las denuncias e investigar la multitud de delitos contra las 4500 personas que habrían pasado por este centro clandestino, uno de los mayores del país, con la sola excepción de Campo de Mayo.

Los primeros 18 integrantes del grupo de tareas 3.3.2. fueron juzgados apenas por una parte de los delitos, como el secuestro, torturas y homicidios de 85 víctimas ("casos", en la jerga judicial), entre ellos las Madres fundadoras: Mary Bianco, Esther de Careaga y Azucena Villaflor Devicenti; las monjas francesas Alice Domon y Leonie Duquet y el escritor Rodolfo Walsh.

“Los nombres de los imputados se repiten en todas las causas y los casos se entremezclan, por lo que unificar lo que resta en un único juicio es un tema de economía procesal”, afirmó a la agencia oficial Télam el fiscal general Pablo Parenti. Alfredo Astiz, su jefe el "Tigre" Acosta y el resto del staff de la ESMA son figuras centrales en la mayoría de las causas, como la desaparición de Hagelin, una adolescente sueca de 17 años, baleada por Astiz en la calle y llevada a la ESMA, donde desapareció en febrero de 1977. El caso generó un escándalo internacional por el reclamo del Estado sueco, que casi llega a una ruptura de relaciones, en una actitud similar a la de Francia con las monjas Domon y Duquet.

Otras dos causas, la 1415 y la 1349, que ya fueron elevadas a juicio oral en 2010 y 2009, y reúnen a 500 y 381 víctimas, respectivamente, que en su mayoría permanecen desaparecidos, y en la que además de los integrantes del grupo de tareas están acusados dos almirantes, Julio Antonio Torti y Antonio Vañek, así como el médico militar Jorge Luis Magnacco, quien atendía los partos de las cautivas en la ESMA y quien fraguó las actas de nacimiento para cambiar la identidad de los recién nacidos y entregarlos a represores, como surge también del juicio en curso por el plan sistemático de robo de bebés.

Otras tres causas están referidas al despojo sistemático de bienes a prisioneros, y en una de ellas está imputado Eduardo Enrique Massera, hijo del entonces jefe de la Armada, lo que habla de la centralidad de estos delitos en los que además de represores hubo escribanos, inmobiliarias y un circuito del dinero robado. Una de esas causas investigó el traspaso fraguado de una finca en Chacras de Coria, Mendoza, a varios marinos, y otra la denuncia del prisionero Víctor Basterra, cuya madre vendió una vivienda en Valentín Alsina ante promesas de mantener con vida a su hijo; ambas han sido ya elevadas a juicio oral.

El represor Juan Lorenzo "Jeringa" Barrionuevo, encargado de inyectarles pentotal a los cautivos que iban a ser arrojados vivos al mar, tendrá en este esquema de juicios por goteo su propio juicio, a menos que la causa finamente se acumule con la de los aviadores ya identificados de los “vuelos de la muerte”.