La Masacre de San Patricio, los asesinatos de los obispos de La Rioja, Enrique Angelelli, y de San Nicolás, Carlos Ponce de León, y del padre Carlos Mugica, y los sacerdotes conocidos como "mártires de El Chamical", son algunos ejemplos de la persecución del terrorismo de Estado a aquellos religiosos católicos que trabajaban para los humildes.

Si bien parte de la iglesia católica fue cómplice del régimen militar hubo una minoría señalada como los "curas rojos" o comunistas que luchó contra las atrocidades que se cometieron, y que se caracterizó por la expresa condena a las violaciones de los derechos humanos, la participación en manifestaciones, cartas y homilías públicas contra el accionar represivo, las denuncias al exterior y el acompañamiento a los familiares de desaparecidos.

El primer religioso asesinado fue el padre Carlos Mugica, quien fue ametrallado el 11 de mayo de 1974 en la ciudad de Buenos Aires, todavía durante el gobierno de Perón, y cuando la Triple A realizaba la persecución para eliminar "comunistas". La muerte de Mugica fue declarada de lesa humanidad y por lo tanto imprescriptible y está en manos del juez federal Norberto Oyarbide.

Ya bajo la dictadura militar, las primeras víctimas de la iglesia católica aparecieron en la provincia de La Rioja, el 18 de julio de 1976 cuando el párroco francés Gabriel Longueville y el sacerdote Carlos de Dios Murias fueron secuestrados en la parroquia El Salvador, de El Chamical, y sus cuerpos fusilados, hecho por el cual fueron condenados en 2012 a prisión perpetua los represores Luciano Benjamín Menéndez, Luis Fernando Estrella y Domingo Benito Vera.

La próxima víctima fue el obispo de La Rioja, monseñor Enrique Angelelli, cuya muerte ocurrió el 4 de agosto de 1976, en un accidente automovilístico confuso, cuando viajaba a Buenos Aires para realizar la denuncia del secuestro y homicidio de Longueville y Murias. Por su muerte están siendo juzgados en la actualidad en La Rioja, Menéndez y Estrella, mientras los otros tres acusados, Jorge Albano Harguindeuy, Jorge Rafael Videla y Juan Carlos Romero fallecieron.

Los religiosos palotinos Alfredo Leaden, Alfredo Kelly y Pedro Duffau y los seminaristas Salvador Barbeito y Emilio Barletti, fueron asesinados en la madrugada del 4 de julio de 1976 por un grupo de tareas que ingresó por la fuerza a la iglesia de San Patricio, en el barrio porteño de Belgrano, hecho conocido como la Masacre de San Patricio.

En tanto, monseñor Carlos Ponce de León, obispo de San Nicolás de los Arroyos, también fue asesinado en un supuesto accidente el 11 de julio de 1977, cuando se dirigía a la Capital Federal para entregar a la nunciatura documentación relativa a la represión implementada en la provincia de Santa Fe.

Por los asesinatos de las monjas francesas de las Misiones Extranjeras, Alice Domon y Léonie Duquet, cuya desaparición ocurrió en diciembre de 1977, junto con el denominado grupo de la Iglesia de la Santa Cruz, que integraban las fundadoras de Madres de Plaza de Mayo, fueron condenados en octubre de 2011 los exmarinos Alfredo Astiz y su jefe, Jorge "Tigre" Acosta, a prisión perpetua junto con otros diez acusados por los crímenes cometidos en la Escuela de Mecánica de la Armada (ESMA).

Hasta ahora, el único miembro de la Iglesia que fue sentenciado por violaciones a los derechos humanos fue el capellán de la policía bonaerense, Christian Von Wernich.