En febrero de 2013 la causa pasó al fuero federal y fue caratulada como "desaparición forzada de persona" por las pruebas que había en el expediente, mientras que anteriormente se investigaba una "averiguación de paradero". Los policías investigados son los subcomisarios Néstor Díaz y Ariel Herrera, los subtenientes Oscar Fecter y Daniel Alberto Vázquez, y los oficiales Martín Monte, Damián Sotelo, José Márquez y Hernán Zeliz, todos del destacamento que funcionaba en Lomas del Mirador.

Anteriormente, la causa se había tramitado en el fuero ordinario del departamento judicial La Matanza, donde no registró avances. La familia de Arruga denunció que la primera fiscal del caso, Roxana Castelli, después de pasar 45 días sin atender su denuncia, le tomó declaración a un testigo que dijo que vio a Luciano en el destacamento policial de Lomas del Mirador muy golpeado, por lo que la Justicia estaba al tanto de que podía haber sido víctima de policías.

Luego el expediente pasó a manos de la fiscal Celia Cejas y el juez Gustavo Banco, a quienes los abogados de Arruga denunciaron el año pasado al determinarse que durante un año y cuatro meses intervinieron el teléfono de la madre y la hermana de la víctima. Por ese motivo, el Centro de Estudios Legales y Sociales (CELS), denunció a los funcionarios ante la Secretaría de Enjuiciamiento de Magistrados y Funcionarios.

Las "pinchaduras telefónicas" a la familia de Arruga, visto por última vez el 31 de enero de 2009, se extendieron desde abril de ese año hasta agosto de 2010, mientras en simultáneo se investigaba a policías como sospechosos.

La hermana de Arruga, Vanesa Orieta, siempre creyó que su hermano había sido enterrado en Monte Dorrego, un descampado cercano al destacamento policial, ya que en una ocasión un perro especializado en búsqueda de personas desaparecidas olfateó allí su rastro. A ese predio se llegó porque los registros de localización de los patrulleros de Lomas del Mirador revelan que dos móviles estuvieron dos horas y media allí la noche que Arruga desapareció, pero cuando se pasó un georradar nada se detectó.

En noviembre del año pasado el Equipo Argentino de Antropología Forense realizó excavaciones en el lugar donde funcionó la comisaría de Lomas del Mirador, que ahora es un espacio destinado a la Memoria.