Además de De Vido, el tribunal consideró implicar en esa nueva investigación a Jorge Gustavo Simeonoff, extitular de la Unidad de Renegociación y Análisis de Contratos de Servicios Públicos; Julio César Pastine, perito de parte por TBA; y los exdirectivos de la empresa de Claudio Cirigliano: Ernesto Ianni y Silvia Emilse López.

Otra investigación solicitada fue la de "posible comisión de un delito de acción pública en el marco del otorgamiento de la concesión" TBA y Cometrans —controladas por los Cirigliano— de los servicios de ferrocarrill entre Buenos Aires y Misiones, y entre Pilar y Paso de los Toros, Uruguay.

Por otra parte, el TOF 2 ordenó remitir la prueba acumulada durante el proceso al Juzgado Nacional en lo Criminal y Correccional Federal 2, que investiga el "otorgamiento y destino de los subsidios" entregados por el Estado Nacional a TBA, y al Juzgado Nacional en lo Criminal Federal 10, que tiene la causa por el siniestro entre dos formaciones de la línea Sarmiento y un colectivo, que produjo la muerte de once personas el 13 de septiembre de 2011.

Respecto de TBA, los magistrados también ordenaron enviar copia digital de la causa al Juzgado Nacional de Primera Instancia en lo Comercial 9, que tramita la quiebra de la concesionaria. La prueba surgida del juicio también se sumará a la demanda por daños y perjuicios por la Tragedia de Once, que tramita en la justicia civil.

En otros puntos del fallo, los magistrados ordenaron investigar por falso testimonio a "los peritos técnicos intervinientes", aunque no precisaron más detalles; mientras que enviaron material testimonial a la Dirección General Pericial de la Corte Suprema de Justicia de la Nación, para que evalúe la "aptitud del perito ingeniero oficial Raúl Díaz" y su posible "exclusión del nombrado del listado de peritos habilitados de la Justicia Nacional". También giraron la copia digital del juicio oral a las causas abiertas por falso testimonio de 4 testigos.