El excapellán, quien en 1999 había reconocido la práctica de las torturas en el centro clandestino La Escuelita y haber visto las secuelas de la picana en el cuerpo de jóvenes secuestrados en el Batallón de Comunicaciones 181, fue detenido por Interpol en Ciudad del Este y trasladado a Asunción (Paraguay).

Vara era buscado desde el 6 de agosto de 2013 y en diciembre de ese año el Ministerio de Justicia y Derechos Humanos ofreció una recompensa de 100.000 pesos para quien aportara datos para ubicar al cura acusado de delitos de ser cómplice de secuestros, torturas y desapariciones. El sacerdote, que se desempeñó como capellán auxiliar en el Comando V del Ejército de Bahía Blanca, entre 1971 y 1979, tenía pedido de captura por los delitos de privación ilegal de la libertad agravada por amenazas y violencia; homicidio agravado por alevosía en concurso de tres personas por lo menos y homicidio y desaparición forzada e imposición de tormentos.

En el primer juicio a represores en Bahía Blanca, el tribunal había pedido que se investigue la participación de Vara en los centros clandestinos y dentro del ámbito del V Cuerpo. La fiscalía así lo hizo y pidió la detención e indagatoria del cura, pero el juez Santiago Martínez denegó las medidas solicitadas hasta que la decisión fue apelada por fiscalía y revocada por la Cámara Federal quien dictó finalmente la detención e indagatoria del sacerdote que hasta hoy se encontraba prófugo.

Uno de los casos más resonantes que figuran en la investigación contra Vara es el de "Los Chicos de la Enet". En diciembre de 1976, un grupo de estudiantes secundarios fueron secuestrados y recibieron tormentos en el centro clandestino de detención "La Escuelita". Ya en democracia, las víctimas relatarían que el religioso "nos llevaba la palabra de Dios, pero cuando le contábamos lo que nos estaban haciendo se quedaba en silencio".