Luego de varias postergaciones, Quilmes volvió al fútbol grande de los domingos, del que faltaba desde 1992. Esta institución sureña fue fundada el 27 de noviembre de 1887, y regresó ayer a la máxima categoría donde vivió su gran hora en diciembre de 1978, cuando obtuvo el campeonato de Primera. Como en esa zona se afincaba la gran parte de la comunidad inglesa, escocesa e irlandesa, se había creado el Quilmes Athletic and Polo Club, donde se jugaba al polo, pero también al fútbol. Luego de la rápida disolución de esa institución se fundó Quilmes, pero con el agregado de Rovers Athletic Club, entidad impulsada por el presbítero J.T. Stevenson y presidida por Guillermo Morgan. Luego, al comenzar el siglo, pasó a llamarse Quilmes Atlético Club.
Al desaparecer el famoso Alumni, los hermanos Ernesto y Juan Brown pasaron al equipo blanco, y conquistaron el título de 1912. Quilmes logró así su séptimo ascenso a la Primera División en su historia, luego de alcanzarlo en 1949, 1961, 1966, 1975, 1981 y 1991. Este club suma en su existencia otros siete descensos: 1937, 1951, 1962, 1970, 1980, 1982 y 1992. En su principal logro salió campeón Metropolitano superando a Boca en la tabla. En aquél equipo jugaron Milozzi, Fanesi, Bianchini, Gáspari, Salinas, y Andreuchi, entre otros.
Pero Quilmes también hizo historia al convertirse en el primer club afiliado a la AFA en aplicar el gerenciamiento. Fue en abril de 2000, cuando una asamblea de 783 socios, de los cuales el 72 por ciento votó a favor de ceder en el orden administrativo y económico, todo el fútbol de la institución a Desarrollo Futbolístico Argentino S.A., una empresa del fenecido Exxel Group.