Tras conocer la creación del instituto, algunos historiadores becarios del Conicet, titulares de cátedras de la Universidad de Buenos Aires, criticaron, a través de un documento conjunto, la iniciativa y, por elevación, al Gobierno. Mirta Zaida Lobato, Hilda Sabato y Juan Suriano defenestraron la creación del instituto por desconocer la “producción científica” del conocimiento: “El decreto (a través del que la Presidenta, creó la institución) pone al desnudo un absoluto desconocimiento y una desvalorización prejuiciosa de la amplia producción historiográfica que se realiza en el marco de las instituciones científicas del país”, apuntaron. Pero, además, consideraron que a través del organismo, “el Gobierno revela su voluntad de imponer una forma de hacer historia que responda a una sola perspectiva” y alertaron que “se avanza hacia la imposición del pensamiento único, una verdadera historia oficial”.