Las cámaras federales de Rosario y Paraná procesaron a Díaz Bessone en seis causas distintas, por los secuestros, tormentos, homicidios y desapariciones forzadas de personas sucedidas en 1976, cuando era jefe del Cuerpo II de Ejército y de la Zona de Seguridad 2. Al fallar la causa 13 contra los ex Comandantes, la Corte Suprema de Justicia consideró probados en esa jurisdicción los homicidios de Cristina Constanzo, Daniel Omar Barjacoba, María Cristina Márquez y Sergio Jalil Drake, y las privaciones ilegales de la libertad y tormentos de Antonio Miño Retamozo, Susana Miranda, Ariel Morandi, Adriana Arce y Antonio Rafael Zárate. En Paraná se investigaban cinco privaciones ilegales de la libertad continuadas (Claudio Fink, Sixto Zalazar, Justo Solaga, Oscar Desorzi y Norma González) y las privaciones ilegales de la libertad en concurso con tormentos de Juan Santamaría, Juan Wursten, Daniel Yrigoyen, Néstor y Enrique Zapata, Jaime y Emilio Martínez Garbino y Víctor Ingold. En Paraná estaba procesado en las causas 11.439, 11.506 y 11.440, por hechos ocurridos en esa ciudad, en Concordia y en Gualeguaychú, respectivamente. En Rosario, debía responder en las causas 47.913 “Feced, Agustín y otros s/Homicidio, Violación etc”, 47.944: “Juárez, Mirta y otros s/Denuncia” y 49.544: “Sonia Beatriz González s/Desaparición”. Díaz Bessone solicitó acogerse a la ley de obediencia debida, pero la Corte Suprema se lo negó, porque como jefe de Zona no había recibido sino impartido las órdenes ilegales de la guerra sucia. Menem lo indultó por el decreto 1.002/89, en octubre de 1989. Además de la solicitud de extradición del juez Baltasar Garzón que el gobierno de Aznar se negó a tramitar, también Francia podría reclamarlo, por la desaparición del estudiante de ingeniería Yves Alain Domergue, secuestrado en Rosario el 20 de setiembre de 1976 por una patrulla militar dependiente de Díaz Bessone.