Además del museo, el C3 dispone de un luminoso laboratorio de 90 metros cuadrados totalmente equipado y de libre uso para estudiantes de nivel primario y secundario. Se espera que en este lugar muchos alumnos puedan realizar sus primeras aproximaciones a las prácticas de laboratorio. En el centro cultural hay dos salas para exposiciones temporarias equipadas con proyectores y pantallas, porque se espera que las muestras puedan ser audiovisuales.

Otro de los sectores principales del C3 es el auditorio, con capacidad para 500 personas, pensado para que puedan circular personas con movilidad reducida. El lugar cuenta con una acústica especialmente diseñada para alcanzar a todos los espectadores.

Además, existe un aula interactiva con capacidad para 30 personas equipada con pantalla táctil y dispositivos tecnológicos que se destinará a las capacitaciones docentes y videoconferencias. A pocos metros de allí hay un taller de realización pensado para desarrollar proyectos con maquinarias de difícil acceso como impresoras 3D y del que se espera que los visitantes salgan con algún tipo de producción propia.

Además, el C3 tiene una de las primeras bibliotecas de divulgación científica que cuenta con donaciones de diferentes institutos y que, se espera, pueda ser usada para presentaciones de libros del campo o charlas de pocas personas. Dentro del C3 también funciona el estudio de la señal de ciencia, tecnología e innovación productiva TECtv.

Los espacios del C3 se completan con el Parque de las Ciencias, un espacio verde público destinado a un uso recreativo donde los asistentes podrán realizar actividades relacionadas con la ciencia y la tecnología. Se prevé la instalación de una serie de módulos interactivos donde los presentes podrán comprobar, a través del juego, algunos conceptos sobre el movimiento, fuerzas, energía, agua, percepción sensorial, entre otros. El parque recreará los hábitats específicos de Argentina y contará con vegetación autóctona.

El centro tiene además, una cafetería pública a la que se podrá acceder desde el parque. En un recorrido típico de público general se puede pasar por el parque, la tienda de regalos del museo y la cafetería sin ingresar a Lugar a Dudas.