Matemática
Geogebra: Sirve para aritmética, geometría, álgebra y cálculo. (Windows/Linux).
Winplot: Es un graficador de funciones para Windows.
Euler Math Toolbox: Entorno de cálculo numérico.
Graphmatica: Sirve para graficar cálculos y ecuaciones numéricas.
Maxima: Hace manipulaciones simbólicas de polinomios, matrices, funciones racionales, integrales, derivadas, manejo de gráficos en 2D y 3D (Linux/Windows).
Gimp: Es un homólogo del Photoshop, pero con licencia libre (Linux/Windows).

Física
Modellus: Estudia modelos temporales, se pueden simular fenómenos físicos.
Phun: Simula objetos y leyes físicas en 2D.
Forcepad: Permite ver comportamientos de estructuras sometidas a cargas.

Química
ACD/Chemsketch: Dibuja estructuras químicas, reacciones y esquemas.
Bkchem: Dibuja sustancias químicas y exporta los resultados.
Avogadro: Editor de moléculas avanzado (Linux/Windows).

Sonido y video
Audacity, Moviemaker, Vso, Vlc y Open Movie Editor.

Otros
Además de programas convencionales como el Explorer o Firefox, un paquete Office para Windows y OpenOffice para GNU/Linux, también viene instalado el Gantt Projetc, un software para diseño de diagramas de manera visual, lectores de archivos como el Foxit Reader, PDF Creator y Fbreader. y antivirus como Microsoft Security Essentials (Windows) y Rxart Antivirus (GNU/Linux). Pero, igual, ¿quién vio un virus para GNU/Linux?