El río Cincel desemboca en la laguna y es su principal fuente de alimentación de agua. En su boca se concentran grandes cantidades de patos como el maicero, el barcino y el puna. Este último es exclusivo de la región y se lo reconoce por su capucho oscuro y un pico celeste azulado. También hay tres especies de gallaretas: la andina, la cornuda y la gigante, que se alimentan de vegetales flotantes. Entre las aves migratorias hay una especie de chorlito que nidifica en el hemisferio norte y migra anualmente a la Puna. Otros chorlitos de la misma laguna, en cambio, nidifican en la Patagonia y regresan después aquí. En los alrededores de la laguna también suelen verse –por lo general muy lejos– los ñandúes de la Puna llamados suris, y también manadas de guanacos y vicuñas, una especie que estuvo al borde de la extinción, ya que por el kilo de lana de este camélido se llega a pagar hasta 350 dólares y se lo usa para confeccionar ponchos mucho más caros aún. También los cóndores suelen rondar la zona cuando hay algún animal muerto, y se los ve con sus alas extendidas volando en círculos hasta perderse en las alturas.