Todo Copahue gira en torno del Centro de Balneoterapia Termal y los curistas, que pueden elegir programas de distinta duración según la recomendación médica, aunque el promedio ideal de una cura termal es de 21 días. El complejo tiene aguas hipotermales (entre 20 y 30 grados), mesotermales (entre 30 y 40) e hipertermales (más de 40), con una mineralización de media a fuerte, y cuenta con numerosas cabinas con bañeras de inmersión e hidrojet, donde se aplican tratamientos personalizados.

Cuando el curista llega se le hace una entrevista y es recibido por un médico, que le indicará cuántos baños y de qué características puede tomar a diario. Después del baño son rituales los 15 minutos de relax, y se debe esperar entre una y tres horas para poder realizar una nueva inmersión, ya que el cuerpo requiere tiempo para adaptarse a las diferentes características de temperatura y mineralización de las distintas aguas termales.

Fuera del complejo, se encuentran las lagunas de donde son tomadas las aguas para los tratamientos individuales: allí es posible sumergirse, durante un tiempo controlado por un bañero, que registra los datos de la ficha médica de cada paciente y los va llamando a medida que se cumple su plazo. La laguna central es la Sulfurosa: allí no está permitido meterse, ya que está a una temperatura que ronda los 70 grados. En toda su extensa superficie se ve bullir el agua gris, coronada de una nube de vapor y aroma sulfuroso. A un lado y otro de la laguna sulfurosa hay otras dos: la laguna Verde, rica en algas, de efecto miorrelajante y revitalizante (con una temperatura de entre 27 y 37 grados) y la laguna del Chancho, donde se realizan baños de fangoterapia natural. También está la laguna de las Algas, de propiedades antiinflamatorias y antibacterianas (no se permite el ingreso) y la laguna de los Callos (hipertermal, 38 grados en promedio), donde sólo se pueden poner los pies ya que se usa para tratamientos de podología. En todas las lagunas, los bañeros encargados toman periódicamente la temperatura y la van actualizando según sus variaciones en carteles expresamente colocados.

Un sector nuevo, los baños 3 y 4, está dedicado específicamente a un circuito antiestrés que incluye baños en hidromasaje con aguas de la laguna Verde, distintos tipos de masaje, ducha escocesa y finlandesa, baños de vapor y reiki. En otro sector se realizan tratamientos de belleza, sobre todo aplicaciones de mascarillas con barro volcánico que tienen un notable efecto de limpieza y suavidad en la piel, y hay pabellones de inhaloterapia, con nebulizaciones a base de agua del volcán. Copahue tiene varios manantiales más con aguas de diferentes propiedades: el Agua de Volcán, que surge de una vertiente cercana al cráter del Copahue, rica en azufre, calcio y sulfuro; el Agua Ferruginosa, que se utiliza especialmente para las anemias y problemas osteoarticulares; el Agua Sulfurosa ideal para inhalaciones y tratamientos respiratorios; el Agua de Copahue (comparable a la de Vichy), el Agua del Mate (potable e hipertermal, surge exactamente a 67 grados) y el Agua de Limón, también bebible, utilizada para afecciones digestivas y por orden médica.