La Fiscalía y la defensa de Garzón plantearon al comienzo del juicio la invalidez de las acusaciones por no cumplir con los mínimos legales, y la falta de imparcialidad del juez instructor Luciano Varela, así como también solicitaron la aplicación de la llamada "doctrina Botín", que establece que la acusación popular no es suficiente para sostener una causa si la Fiscalía no presenta acusación alguna, y si no hay una acusación particular directamente damnificada en la causa.

Pero una vez rechazadas estas razones, Garzón, de 56 años, volvió a enfrentarse a la pena máxima de 20 años de inhabilitación prevista para el delito de prevaricato, es decir, dictar a sabiendas una resolución injusta, por haberse declarado competente en 2008 para investigar más de 100 mil desapariciones forzadas del franquismo en el marco de la doctrina de "crímenes de lesa humanidad".

El magistrado regresó al Tribunal Supremo donde fue recibido por manifestantes entre aplausos y gritos de apoyo. "Tenemos memoria, queremos justicia", "Fosas cerradas, heridas abiertas", coreaban los manifestantes. Y al conocer que el Supremo había decidido seguir adelante con el juicio, comenzaron a gritar "vergüenza, vergüenza".

Suspendido desde hace dos años como juez instructor de la Audiencia Nacional española, Garzón está acusado de haber ignorado intencionadamente la Ley de Amnistía de 1977 cuando se declaró competente para investigar la desaparición de más de 100.000 personas durante la Guerra Civil (1936-1939) y la dictadura franquista (1939-1975). Acusaba al dictador Francisco Franco y a 34 exaltos funcionarios de su régimen, todos ya muertos, de crímenes de lesa humanidad. En el juicio por prevaricación abierto el 24 de enero, la Fiscalía pide la absolución del acusado.

Garzón también está sometido a otro juicio por prevaricación, acusado de haber violado el derecho de la defensa al haber ordenado la intervención de conversaciones en prisión entre los presuntos cabecillas de una vasta trama de corrupción y sus abogados.