La querella integrada por Abuelas de Plaza de Mayo reclamó, tras el fallo de Casación, que "en forma expeditiva" la Justicia de San Martín "detenga" y "luego procese" a Alfonso. Casi al mismo tiempo, la jueza Vence dispuso su arresto y, al no encontrarlo, se enteró vía Migraciones de que el sospechoso había salido del país, a raíz de lo cual firmó su orden de captura. Los delitos por los que está acusado el exsecreatrio general del Ejército son investigados en el marco del operativo castrense realizado el 12 de enero de 1977 en Villa Adelina, partido de Vicente López, en el norte del Gran Buenos Aires.La niña entonces secuestrada, Bárbara García Recchia, recuperó su identidad a los 32 años y conoció a su verdadera familia en 2009.

A Alfonso lo había procesado y detenido, en fallo de primera instancia, el juez federal de San Martín Alberto Suares Araujo, en diciembre de 2008, pero en agosto de 2009 la Cámara Federal de San Martín lo liberó porque entendió que el militar, al participar en el operativo de 1977, en uniforme de combate y con móviles identificables, "ignoraba para qué lo llevaban" allí. Sin embargo, Casación, al revisar el fallo, revocó aquel sobreseimiento de Alfonso y lo reenvió a la Justicia de San Martín para que dicte una nueva resolución.

Alfonso fue "mano derecha" en 2000 y 2001 del entonces jefe del Ejército, teniente general Ricardo Brinzoni (ya fallecido), que estuvo procesado por la llamada "Masacre de Margarita Belén" en 1976, cuando 22 presos políticos fueron fusilados en esa localidad de la provincia de Chaco.

En la época del hecho que se le atribuye Alfonso era teniente primero de Caballería, destinado en la Escuela de Suboficiales Sargento Cabral con asiento en la Guarnición Militar de Campo de Mayo. En 1993 Alfonso fue ascendido a coronel y en 1999 pasó a ser general de Brigada, retirándose en 2003, cuando Roberto Bendini fue designado jefe del Ejército.