La fiscalía estadounidense había pedido 15 años de cárcel para Santoyo, de 53 años, y su defensa 10, pero la sentencia del juez James C. Cacheris establece que deberá pasar 13 años en prisión y rechazó enviar al general retirado a una cárcel de máxima seguridad.

En los alegatos finales la defensa argumentó que no era justo enviar a Santoyo a una prisión de máxima seguridad porque no es un terrorista "de facto" pese a sus errores y, además, se entregó a las autoridades y su colaboración ha sido total. El abogado de Santoyo, Oscar Rodríguez, definió el fallo como "duro pero justo" y se manifestó confiado en que su defendido verá reducida considerablemente" su condena en el futuro, algo que, sin embargo, reconoció que depende del gobierno.

Según los fiscales, Santoyo "aceptó sobornos de los terroristas" y "abusó" de su posición como jefe de seguridad del expresidente colombiano Álvaro Uribe. Santoyo admitió que aceptó sobornos de miembros de las AUC a cambio de información y otros tipos de asistencia que permitieron a ese grupo paramilitar ya disuelto participar en actos terroristas. Además, informó a miembros de las AUC de detenciones previstas por los cuerpos de seguridad, incluyendo operaciones de la Dirección Antidrogas Estadounidense (DEA), así como de la realización de escuchas telefónicas no autorizadas.

La investigación contra Santoyo arrancó con las declaraciones de tres jefes de las AUC extraditados a EEUU: Salvatore Mancuso, Juan Carlos "El Tuso" Sierra y Carlos Mario Jiménez o "Macaco", quienes lo vincularon con las mencionadas actividades ilegales. Santoyo, quien se retiró de la Policía Nacional en 2009, conoció a Uribe en 1995, cuando formaba parte de la unidad antisecuestro de la Policía, y después custodió su campaña electoral y prestó servicio en su primer período de Gobierno (2002-2006).

Uribe afirmó que no intercedió nunca para que le dieran cargos a Santoyo, pero dijo que su desempeño como jefe de seguridad cuando él era presidente fue bueno. Santoyo se entregó en Bogotá a funcionarios de la Agencia Antidrogas de Estados Unidos (DEA), que en julio lo trasladaron a Virginia. Allí confesó sus vínculos con los grupos paramilitares, autores de múltiples violaciones de los derechos humanos y comprometidos en narcotráfico. Aunque en 2003 fue destituido por la Procuraduría General (Ministerio Público) por un caso de escuchas ilegales en los años 90, Santoyo ascendió en 2007 de coronel a general y se retiró en 2009.

"Este caso muestra no a un terrorista, sino a un hombre bueno que cometió un error y que está pagando muy severamente por ello", dijo Rodríguez. El fiscal, Neil H. MacBride, replicó que precisamente los puntos que según la defensa deberían mitigar el caso constituyen "agravantes", puesto que Santoyo "traicionó" a sus propios compañeros en las fuerzas de seguridad, a quienes "destrozó la moral" ver a un superior cometiendo estos delitos.

En su último alegato, el propio Santoyo, vestido con el mono de color verde de prisionero, aseguró estar "muy arrepentido". "Reconozco que me equivoqué, reconozco que cometí errores y estoy muy arrepentido respondiendo aquí por ellos", dijo, compungido, en español traducido por una intérprete para el juez y el fiscal. "Le pido perdón a mi familia por la difícil situación que está viviendo y solicito consideración y benevolencia", agregó sin mirar hacia la sala, donde su mujer y dos de sus hijos recibieron entre lágrimas la sentencia del juez, que calificó los 13 años como una "disuasión adecuada" para otros posibles casos.