El fallo del Juzgado Criminal y Correccional 7 de la Ciudad de Buenos Aires consideró probados los "ilícitos" ordenados por los entonces jefes militares, que violaron las leyes de Inteligencia, Seguridad y Defensa, mientras que las penas fueron similares a las pedidas por el Centro de Estudios Legales y Sociales (CELS), que impulsó la denuncia en 2006 y había solicitado dos años de condena para ambos.

La denuncia del CELS se basó en el testimonio dado por el cabo Carlos Ariel Alegre, un efectivo de la Armada y estuvo acompañada por una importante cantidad de documentación. En un allanamiento ordenado a la base aeronaval se secuestraron discos rígidos y carpetas con información sobre prácticas de inteligencia y seguimiento. Los informes eran confeccionados por diferentes órganos de la Armada, que clasificaban ideológicamente a los espiados y circulaban a través de los canales de inteligencia.

Toda esa información hallada en la Base Naval Almirante Zar fue remitida a la Justicia Federal de Rawson, Chubut, y a partir de ellas se desarrolló un juicio oral contra 13 marinos de menor rango, que fueron condenados con penas que oscilaron entre seis meses y un año y medio por el incumplimiento de los deberes de funcionario público.

Dos años más tarde, tras un análisis de los documentos secuestrados, se demostró el carácter estructural y sistemático de las tareas de espionaje. En función de esa documentación, el Juzgado Nacional en lo Criminal y Correccional Federal 3 a cargo de Daniel Rafecas, procesó al exjefe y subjefe del Estado Mayor de la Armada. Por eso motivo, Godoy fue pasado a retiro por orden de la presidenta Cristina Kirchner.

A principios de marzo, en los alegatos del juicio que encabezó Casanello, el representante del CELS, Rodrigo Borda, sostuvo que el 90 por ciento de las tareas de inteligencia que realizó la Armada hasta 2006 era "ilícito" y a la cúpula de la Armada "no le interesó, sino que avaló" la práctica de esas tareas de inteligencia "prohibidas" por ley. "Constituye un peligrosísimo resabio de la dictadura militar", afirmó hace diez días el abogado del CELS.