La Ley de Implementación del Código Procesal Penal elimina la creación de la Comisión de Implementación del Código y le otorga esa facultad a la actual Bicameral de Implementación y Monitoreo del Código, que tendrá un organismo asesor integrado por funcionarios judiciales y técnicos en materia de justicia.

Además, el nuevo régimen de subrogancia establece que sólo el Consejo de la Magistratura puede designar a jueces subrogantes de entre la lista de conjueces que exista en cada jurisdicción, que se conforma por abogados de la matrícula federal y por todos los secretarios de Cámaras Federales. De no haber lista de conjueces, el Consejo de la Magistratura podrá “excepcionalmente” y por un plazo de hasta 90 días, designar a subrogantes que no formen parte de la lista de conjueces.

Entre las reformas incorporadas se eliminó la categoría de “relator” dentro de las Fiscalías Nacionales de Primera Instancia y se estableció que los demás cargos serán creados por la carrera judicial, el escalafón y el examen. El presidente de la Comisión Bicameral de la Implementación y Seguimiento del nuevo Código, el oficialista salteño Rodolfo Urtubey, indicó que de ese modo “se cumple con la Ley de Acceso Democrático a la Justicia” y reiteró que se “excluye a los funcionarios del arbitrio de los titulares de dichas unidades”. "Llevó extensísimas jornadas escuchar a todas las instituciones, a los juristas y a los gremios. Pero ha sido muy enriquecedor el debate", sostuvo Urtubey.

Sin embargo, los bloques de la oposición, si bien respaldaron el resto de las iniciativas, anticiparon que no aprobarían la Ley Orgánica del Ministerio Público Fiscal. El radical Angel Rozas dijo que la cabeza de la Procuración posee “gran concentración de facultades”. "Acá hay que confiar en la buena fe del Procurador General de la Nación, pero el sistema no garantiza por sí mismo la objetividad y la transparencia que se debe requerir. Los fiscales de distrito están puestos a dedo por el Procurador", sostuvo.

Por su parte, la peronista disidente Liliana Negre de Alonso mencionó que el Ministerio Público Fiscal es "poderosísimo" y que "hasta tiene facultades para actuar en conflictos entre la Nación y las provincias".