Con la aplicación de este nuevo régimen los fiscales tendrán un rol central ya que deberán estar a cargo de la investigación de los delitos ocurridos en la justicia federal y nacional, mientras que los jueces deberán definir los fallos sobre estos ilícitos cometidos por los imputados.

La discusión y firma de los seis despachos se produjo en el marco de dos plenarios, uno de Justicia y Legislación Penal, conducido por la kirchnerista, Graciela Gianetassio, y la macrista Patricia Bullrich, y otro al que se sumó la comisión de Presupuesto, que conduce Roberto Feletti.

Los proyectos que permitirán aplicar el nuevo Código Procesal Penal modifican el Código Penal referidos a las causales de suspensión del juicio a prueba, la organización y competencia de la justicia federal penal y al nuevo régimen orgánico del Ministerio Público Fiscal y de la Defensa.

Los dictámenes fueron respaldos por el oficialismo y sus aliados, mientras que el PRO solo avaló reformas del Código Penal sobre suspensión de juicio a prueba, y el radicalismo mantuvo la misma postura asumida en el Senado de rechazar todos los despachos aprobados en la Cámara Alta.

De todos modos, la oposición hizo hincapié en sus críticas a las reformas introducidas a la Procuración General de la Nación y el PRO también centró sus objeciones a la organización de la justicia nacional dado que allí está en juego las atribuciones que se transferirán a la Ciudad de Buenos Aires.

El diputado del PRO Pablo Tonelli dijo estar "de acuerdo con las reformas al Código Penal porque son necesarias para aplicar el nuevo régimen, pero señaló que se oponen a la organización de la justicia nacional porque eso será atribución en el futuro de la Ciudad de Buenos Aires". En ese sentido, advirtió que "el proyecto de implementación viola la autonomía de la Ciudad de Buenos Aires".

Esta observación del macrista mereció la respuesta del oficialista Juan Cabandié, quien recordó que "la Legislatura porteña todavía no aprobó el traspaso de una serie de delitos, como los relativos a la libertad de trabajo y asociación, el desarmado de autos y las actividades deportivas".

En tanto, el diputado radical Manuel Garrido señaló que las "disidencias centrales están vinculadas con las reformas a la Procuración y por eso no vamos acompañar un cúmulo de atribuciones en cabeza del titular de la Procuración".

A su vez, el diputado de la Coalición Cívica Pablo Javkin también expresó su oposición a los proyectos y se quejó de que "no se haya tomado el modelo de las provincias que ya pasaron del sistema inquisitivo al acusatorio" y en ese marco comentó que hubiera "sido bueno tomar el caso de Santa Fe".

Desde el Frente de Izquierda, el diputado Néstor Pitrola rechazó los proyectos al afirmar que "reconocen a los trabajadores su condición de precarizados".

La puesta en marcha de la nueva estructura del Ministerio Público Fiscal implicará una erogación anual de 655,5 millones de pesos y abarca una cantidad de 2.154 cargos; en tanto para el Ministerio Público de la Defensa se destinarán 211,9 millones de pesos, para otros 1.407 cargos.