Tras decidir la nulidad por falta de fundamentación de una falta de mérito dictada por el juez Daniel Rafecas, a quien apartaron del caso en cuestión, los jueces señalaron que la situación "enfrenta al Tribunal con la tarea de analizar la compatibilidad o no del procedimiento de designación de jueces previsto por la ley 27.145 con los postulados de la Constitución Nacional y los pactos internacionales que revisten esa jerarquía".

La Cámara advirtió que, con la nueva ley, el Consejo de la Magistratura puede definir "quién dirigirá la instrucción" pero rechazaron dicha opción al argumentar que el fuero "cuenta con otros once magistrados permanentes de primera instancia, designados con arreglo al procedimiento constitucional, todos en condiciones de asumir la dirección de la pesquisa", mientras que las "facultades discrecionales (del Consejo) confrontan directamente con los principios constitucionales de juez natural".

Los camaristas objetaron la lista de conjueces confeccionada de acuerdo con lo dispuesto en el artículo 3° de la ley de subrogancias porque permite elegir "sin orden de primacía, discrecionalmente y con simple mayoría de los miembros presentes del cuerpo, entre jueces de igual jurisdicción o competencia o abogados y secretarios judiciales que, sin concurso previo, sólo cumplieron con el requisito de inscribirse en una lista, después aprobada por el Congreso y el Poder Ejecutivo".

Cattani, Irurzun y Farah agregaron que "en el caso de los abogados y secretarios inscriptos en las listas, hay un requisito fijado para acceder a cargos de jueces permanentes, que está ausente" y "partiendo de esa base, es irrazonable que la ley (a diferencia de anteriores regulaciones) no fije un orden de prelación que otorgue primacía a los jueces federales".

Además, criticaron que "el Consejo defina por mayoría simple de los presentes, exigencia menor a la requerida para remitir ternas de candidatos para jueces permanentes a elección del Poder Ejecutivo, pese a que aquellos fueron evaluados en concursos públicos y por sus antecedentes".