De acuerdo con el anuncio, se creará una jurisdicción especial para la paz, que contará con salas de justicia y con un Tribunal Especial que estarán integrados especialmente por magistrados colombianos y, en participación minoritaria, juristas extranjeros. La función de estos dos mecanismos será, según el acuerdo, "acabar con la impunidad, obtener verdad, contribuir a la reparación de las víctimas y juzgar e imponer sanciones a los responsables de los graves delitos cometidos durante el conflicto armado, particularmente los más graves y representativos, garantizando la no repetición".

El acuerdo, leído por los delegados garantes de Cuba, Rodolfo Benítez, y de Noruega, Dag Nylander, expresa que a la terminación de las hostilidades, el Estado otorgará "la amnistía más amplia posible por delitos políticos y conexos". En ese sentido, aclara que "en todo caso no serán objeto de amnistía o indulto las conductas tipificadas en la legislación nacional que correspondan con delitos de lesa humanidad, el genocidio y crímenes de guerra, como la toma de rehenes, secuestro, tortura desplazamiento forzado, desaparición forzada, ejecuciones extrajudiciales y violencia sexual".

La jurisdicción especial para la paz tendrá competencia para juzgar no sólo a los miembros de la guerrilla sino a todos los agentes del Estado por los delitos cometidos en el contexto de la guerra y contempla dos tipos de procedimientos, uno para quienes reconocen verdad y responsabilidad y otro para quienes no lo hacen o lo hacen tardíamente, señala el texto. Para quienes reconozcan delitos de lesa humanidad se establecen penas que van desde los 5 a los 8 años, de restricción efectiva de libertad en condiciones ordinarias.

El modelo base será de justicia restaurativa, lo que permitirá imponer penas restrictivas de la libertad, pero que no implican cárcel. Esto quiere decir que la víctima y el victimario podrían acordar la forma en que se cumplirá la sentencia, por ejemplo a través del desarrollo de obras. Todo esto se mantendrá siempre y cuando se garantice la reparación de las víctimas, porque, de lo contrario, se podría aplicar una pena efectiva de cárcel. Quienes no reconozcan la responsabilidad en delitos graves y resulten culpables tras las investigaciones debidas incurrirán en una pena de prisión de hasta 20 años en condiciones ordinarias.

El presidente Juan Manuel Santos anunció que el acuerdo contempla que se deberá llegar a un acuerdo de paz definitivo "a más tardar en seis meses". "El jefe del secretariado de las FARC y yo hemos acordado que mas tardar en seis meses debe concluir esta negociación y firmarse un acuerdo final" de paz, dijo Santos ante la presencia de Timochenko y el presidente cubano Raúl Castro. "No va a ser una tarea fácil, porque faltan muchos puntos difíciles por acordar, pero esa es la instrucción que le hemos dado a nuestras delegaciones", dijo el mandatario colombiano.