En un fallo unánime, los cinco jueces de la Corte Suprema hicieron lugar al recurso presentado por el fiscal ante la Cámara Nacional de Apelaciones en lo Criminal y Correccional, Ricardo Sáenz, y validaron la decisión de la Sala VI de la Cámara Nacional de Apelaciones en lo Criminal de aceptar la declinación de la jueza Fabiana Palmaghini y llevar la investigación por la muerte del fiscal Alberto Nisman a la justicia federal.

La Corte evitó valorar "los diferentes posibles supuestos de hecho que se examinan en el proceso", o sea si se trata de un suicidio o un homicidio, pero destacó el argumento de Sáenz respecto de que "cualquiera fuera la hipótesis que se investigara, correspondería al fuero federal el conocimiento de la causa" por tratarse de un fiscal muerto en un contexto que podría estar relacionado con las tareas que desarrollaba.

En ese sentido, los magistrados citaron jurisprudencia respecto de que "en la medida en que las constancias de la causa no permitan descartar una hipótesis que refiera a un delito cometido en perjuicio de un funcionario federal corresponde que sea la justicia federal la que investigue el caso".

A pesar de evitar valorar las pruebas acumuladas en la investigación, que mantienen más firme la hipótesis del suicidio, el máximo tribunal destacó que "en este caso hasta el presente persiste (o no ha sido descartada) la hipótesis de la vinculación del hecho investigado con las tareas concretas que realizaba en ejercicio de su función el Fiscal federal al momento de su deceso".

La decisión de que la causa vuelva al fuero encabezado por la jueza Palmaghini la había tomado la Cámara Nacional de Casación en lo Criminal y Correccional al hacer lugar a una apelación de la defensa del informático Diego Lagormasino, único imputado en la causa, por cuestiones procesales. La Cámara había indicado que las pruebas acumuladas hasta el momento eran insuficientes para sostener la hipótesis del homicidio, algo que motivó la apelación del fiscal Sáenz.

Más allá de las pruebas existentes, la Corte insistió en que "se encuentra fuera de discusión la relevancia institucional de la investigación del caso AMIA que el fiscal Nisman tenía a su cargo como así también que al producirse su fallecimiento se encontraba abocado a esa tarea", por lo que declaró procedente el recurso presentado por Sáenz, dejó sin efecto la setencia de la Cámara nacional y ordenó que la causa continúe en el fuero federal.