El 17 de diciembre de 2002, el juez Roberto Marquevich dispuso que la policía condujera detenida a Ernestina Herrera de Noble para tomarle declaración indagatoria por el delito de “uso de documento público falso” e inmediatamente le negó la excarcelación. Poco después, la Cámara Federal de Apelaciones dispuso desplazar de la causa a Marquevich endilgándole parcialidad y anuló la resolución.

En marzo de 2003, el expediente pasó al juez federal Conrado Bergesio, quien resolvió que no está probada la existencia de delito por parte de Herrera de Noble y la desvinculó de presuntas irregularidades en los trámites de adopción de sus hijos. La resolución fue confirmada por la Cámara Federal de Apelaciones de San Martín, por lo cual a partir de ese momento sólo quedó pendiente el tema relativo al examen de histocompatibilidad.

En diciembre de 2009, luego de que la causa estuviera detenida cinco años, la Cámara de San Martín ordenó al juez Bergesio realizar los estudios en el Banco Nacional de Datos Genéticos. El 29 de diciembre de 2009, Felipe y Marcela entregaron sangre y saliva voluntariamente, pero para que fuera cruzada con las dos familias querellantes. Al día siguiente, el juez ordenó un allanamiento para obtener objetos personales.

Cuando todo estaba listo para la realización del examen, el 20 de marzo de 2010, la Sala II de la Cámara de Casación Penal dictó un nuevo fallo suspendiendo el estudio mientras tramitaba un recurso. Posteriormente, la Cámara de Casación rechazó por razones formales el recurso sin pronunciarse sobre el fondo del mismo, por lo cual la resolución de la Cámara de San Martín, que había dispuesto que el cotejo no se limitara a las dos familias querellantes quedé temporalmente firme.

El 28 de abril de 2010 la Cámara de San Martín apartó de la causa al juez Bergesio, aceptando una recusación presentada por el fiscal, y el expediente pasó a manos del juzgado Criminal a cargo de Sandra Arroyo Salgado, que fue quien realizó las últimas gestiones del largo y sinuoso litigio.

El 28 de mayo de 2010, luego de la negativa de los jóvenes a realizarse una nueva extracción de sangre, la jueza dispuso la obtención del material genético de las prendas que vestían Marcela y Felipe, para lo cual fueron interceptados en la vía pública, pero en aquella ocasión no se pudo extraer un perfil genético "indubitable" de cada uno de ellos sino varios porque las muestras estaban contaminadas.

Finalmente el 16 de marzo de 2011, la Cámara Federal de San Martín confirmó la decisión de extraer nuevas muestras biológicas de sangre o saliva a los hermanos "con o sin su consentimiento", y el 2 de junio último, la sala II de la Cámara de Casación Penal avaló la extracción pero limitó el cotejo a un período de tiempo acotado, que fue la decisión que apelaron las Abuelas.

Hoy, justamente cuando vencía el plazo para apelar el fallo de Casación, Marcela y Felipe anunciaron que aceptaban la extracción de sangre y la comparación con todo el BNDG.