Menéndez recibió la protección de la Corte Suprema de Justicia que lo desprocesó en algunas de esas causas invocando la Ley de Punto Final pero quedaron algunos procesos pendientes que conducirían, en 1990, a la elevación a juicio donde él era imputado. Fue entonces, pocos días antes del comienzo de las audiencias, que el presidente Menem lo indultó. Fue el único caso en que se aplicó un indulto a una persona que aún no tenía condena. En este caso el perdón presidencial no respetó la Constitución que indica que la figura del indulto sólo se puede aplicar a una persona condenada. Así se garantizó la impunidad por más de una década. Llega a su quinto juicio con 83 años y alojado en la cárcel de Bouwer. Está acusado por los delitos de imposición de tormentos y los homicidios de todas las víctimas.

Videla, por su parte, cumplió sólo cinco años de prisión efectiva. En 1990, el entonces presidente Carlos Saúl Menem hizo uso de la facultad presidencial de indulto para dictar su excarcelación mediante los decretos 2741/90 y 2742/90. En 1998 regresó a prisión, aunque brevemente, tras que un juez dictaminara que las causas por sustracción de menores durante la dictadura de 1976 constituían un crimen de lesa humanidad, y por lo tanto imprescriptible. Pasó 38 días en la cárcel de Caseros hasta que se le concedió el derecho al arresto domiciliario en atención a su edad. La causa se encuentra aún abierta. Posteriormente, el 10 de octubre de 2008 perdió el beneficio de la detención domiciliaria y fue trasladado a la cárcel que funciona en Campo de Mayo. Su extradición a Alemania es solicitada desde el 2003 por el Tribunal Territorial de Núremberg, por su responsabilidad en el homicidio Elisabeth Kaesemann, asesinada en la Argentina en mayo de 1977. En 2005 fue sobreseído, aunque la fiscalía de Nuremberg abrió otra causa en su contra en diciembre de 2009 tras la aparición en el país del cadáver del ciudadano alemán Thomas Stawowiok. Llega a este juicio con 84 años. Está acusado por los delitos de imposición de tormentos agravados a 32 personas; tormentos seguidos de muerte y homicidios calificados.