Batistuta fue convocado por primera vez a la Selección Argentina por Alfio Basile, que reconoció su capacidad goleadora en Boca. El delantero marcó su primer gol el 1º de julio de 1991, cuando la Argentina venció 3-0 a Venezuela en el debut en la Copa América de Chile, que la Selección ganaría cómodamente.
Desde entonces, marcó 10 goles en los Mundiales: en 1994 le hizo 3 a Grecia y uno a Rumania; en 1998, le marcó uno a Japón, 3 a Jamaica y uno a Inglaterra, y en el 2002, uno a Nigeria. Gerd Muller, el máximo goleador de la historia de los Mundiales, marcó 15 entre 1970 y 1974.
En las Copas América de 1991, 1993 y 1995 señaló 13 tantos: 3 a Chile, 2 a Brasil, Venezuela, México y Bolivia, y uno a Paraguay y Colombia; y en las Eliminatorias para los Mundiales de 1994, 1998 y 2002 señaló 11 goles: 2 a Colombia, Paraguay, Chile y Perú, y uno a Uruguay, Bolivia y Chile. No hubo selección en Sudamérica que no sufriera la artillería de Batistuta: los equipos de los nueve países que, además de la Argentina, integran la Conmebol, recibieron goles del delantero.
Además, señaló 18 goles en partidos amistosos entre 1992 y 1999: le hizo 3 a Bosnia y Australia, 2 a Costa de Marfil, Israel y Eslovaquia y uno a Bulgaria, Irlanda, Chile, Sudáfrica, Holanda y Colombia. Y completó los 56 tantos con otros cuatro marcados en torneos menores: uno a Japón en la Copa Kirin de 1992, otro a Gales en el mismo certamen y dos más a los japoneses en la Copa Rey Fahd de 1995.
La de Chile fue la selección que más lo sufrió: le hizo seis goles. Australia, Japón y Colombia siguen con 4.