El club fue fundado en 1945 en el barrio del Cerrito de La Victoria, muy cerca del centro de Montevideo, donde también surgieron los equipos de Rentistas y Sudamérica. Pero, a diferencia de los otros dos, Cerrito nunca antes había jugado en Primera. Toda su trayectoria la llevó a cabo en el fútbol de ascenso, y especialmente en Tercera. Sin embargo, la promisoria campaña que cumple actualmente el conjunto que dirige Moller despertó la adhesión de la mayoría de los habitantes de esta barriada.
Hace tres años estuvo al borde de la desaparición por sus problemas económicos, hasta que Audifred se hizo cargo de la administración del fútbol profesional, lo que en esta orilla del Plata se conoce como gerenciamiento. El equipo no tiene cancha y juega en el estadio de Villa Española de la segunda división, algo que está prohibido por los estatutos de la Asociación Uruguaya de Fútbol, que determinan que cada equipo debe utilizar un único escenario. Audifred prometió que, antes de fin de año, Cerrito tendrá un estadio para 5 mil personas en el barrio que lo vio nacer.