El Foro Nacional de Agricultura Familiar nació como una propuesta de conjugar la labor de los movimientos campesinos y los pequeños agricultores aislados sin representación y sin condiciones de hacer oír su voz en demanda de políticas públicas específicas. También, para aglutinar los esfuerzos hechos en otros ámbitos (entidades gremiales, espacios públicos) para potenciar al sector. Inicialmente impulsado por la Cancillería desde su consejo consultivo, el Fonaf empezó a reunirse en la Federación Agraria, que le cedió espacio y le prestó respaldo, a partir de 2006. Pero demasiado temprano aparecieron los conflictos políticos. Primero fueron los Movimientos Campesinos (con el santiagueño Mocase al frente) el que expresó sus diferencias con la FAA y se retiró. Ya en 2008, la discusión por las retenciones a la exportación (fundamentalmente de soja) dividió aguas: el Fonaf dejó el espacio cedido por la FAA e inició un camino independiente, casi opuesto al que transitaba la Federación junto a la Mesa de Enlace. Sin embargo, hoy muchos representantes provinciales “federados” (como denominan a los reconocidos por FAA) participan de los encuentros del Fonaf en diversas provincias. Una convivencia que no llega a reflejarse a nivel de las políticas que unos y otros expresan a nivel nacional.