En el mismo informe que la AGN elevó al Congreso cuestionando a Trenes Metropolitanos también señala cómo la Comisión Nacional Reguladora del Transporte consintió faltas de la empresa o hizo poco para que ésta las reparase. Según ese documento, la CNRT “no controló la calidad de los trabajos de mantenimiento efectuados por la empresa”, amén de que en este órgano “no existe unificación de criterios para la emisión de órdenes de servicio ni para la aplicación de penalidades ante incumplimientos detectados”. Esa entidad “tampoco ha ejercido sus facultades sancionatorias oportunamente: de esta manera, no siempre instó a que se repararan las irregularidades observadas de acuerdo a norma y a tiempo”.
Los auditores no hablan de presunta connivencia entre los reguladores y la empresa, pero la naturaleza de las debilidades apuntadas en la CNRT alimenta esa sospecha. En particular cuando recriminan a la Comisión “falta de uniformidad en el sistema de resguardo documental”, de manera tal que se hace difícil el seguimiento de las observaciones que el ente de control hizo al concesionario.