Como único órgano de revisión sobre los países que no ratificaron el Pacto de San José, la Comisión Interamericana se ha pronunciado en forma sistemática sobre violaciones a los derechos humanos cometidas en Estados Unidos. En diciembre de 2001, apenas tres meses después de los atentados del 11 de setiembre, declaró que no era admisible el juzgamiento de civiles por tribunales militares y que siempre deberían regir “las garantías mínimas establecidas en el derecho internacional, que incluyen la no discriminación entre ciudadanos y quienes se encuentren bajo la jurisdicción de un Estado, juez independiente, derecho de defensa, libre elección, y acceso a las pruebas y posibilidad de contradecirlas”. En marzo de 2002 fue el primer organismo internacional que dictó una medida cautelar en amparo de las personas privadas en forma ilegal de su libertad en Guantánamo, cuyo cierre pidió. En el momento de auge del poder de Bush y la histeria represiva, la Comisión declaró que “ninguna persona bajo la autoridad y control de un Estado, más allá de sus circunstancias, se encuentra privada del goce de la protección de sus derechos humanos fundamentales y no derogables”, cuyo respeto debe ser asegurado por “un tribunal o corte competente”. En octubre del mismo año emitió un completo estudio sobre la denominada “guerra contra el terrorismo” y dictaminó que no podía invocarse como justificación para desconocer toda la legislación y la jurisprudencia nacional e internacional sobre derechos humanos. Hasta 2001 la mayoría de los casos estadounidenses que llegaban a la Comisión se referían al corredor de la muerte, en el que los condenados esperaban la ejecución. La Comisión declaró que equivalía a trato inhumano. Pero luego del 9 de septiembre de ese año también las organizaciones que defienden los derechos de distintas minorías comenzaron a recurrir al Sistema Interamericano por discriminación contra afroamericanos, latinos, indocumentados o migrantes. El omnipotente ministerio de Seguridad Nacional tuvo que dar cuentas a la Comisión por una denuncia sobre el trato inhumano en un centro de custodia de inmigrantes en Texas. Algunos de los casos tratados por la Comisión tienen gran impacto en la academia y en la prensa de los Estados Unidos. Por ejemplo, el de Jessica Gonzales, una mujer latina cuyas hijas fueron secuestradas por su ex marido, quien luego las asesinó, mientras ella no lograba que la policía atendiera sus desesperados pedidos de protección. La Corte Suprema negó su derecho a que la policía aplicara la orden de alejamiento del marido. La mujer, con el patrocinio de la Facultad de Derecho de la Universidad de Columbia, recurrió a la CIDH. La audiencia que la Comisión realizó en octubre desató un debate nacional sobre la violencia doméstica y las obligaciones del Estado de proteger a sus víctimas.